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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vhg | ||||||
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タイトル | Recombinant thaumatin I at PH 8.0 | ||||||
要素 | Thaumatin Iソーマチン | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / THAUMATIN (ソーマチン) / SWEET-TASTING PROTEIN / thaumatin family (ソーマチン) / mainly beta / taste protein (味覚) / sweet receptor / aril (仮種皮) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thaumatococcus daniellii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Masuda, T. / Mikami, B. / Kitabatake, N. / Tani, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Recombinat thaumatin I at pH 8.0 著者: Masuda, T. / Mikami, B. / Tani, F. / Kitabatake, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vhg.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vhg.ent.gz | 89.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vhg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/3vhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/3vhg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3vhfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / プラスミド: pPIC6-preTH / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33, SMD1168H / 参照: UniProt: Q8RVT0, UniProt: P02883*PLUS | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM Tris-HCl buffer, 15% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 107219 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 46.7486 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 3.115 / % possible all: 85.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: 3VHF 解像度: 1→10 Å / Num. parameters: 19410 / Num. restraintsaints: 24492 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 28 / Occupancy sum hydrogen: 1418.4 / Occupancy sum non hydrogen: 1982.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1→1.05 Å /
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