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万見
- PDB-3vgp: Crystal structure of the C-terminal globular domain of oligosacch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vgp
タイトルCrystal structure of the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferase (AF_0329) from Archaeoglobus fulgidus
要素Transmembrane oligosaccharyl transferase, putative
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein glycosylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12610 / : / AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Matsumoto, S. / Igura, M. / Nyirenda, J. / Yuzawa, S. / Noda, N.N. / Inagaki, F. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the C-Terminal Globular Domain of Oligosaccharyltransferase from Archaeoglobus fulgidus at 1.75 A Resolution
著者: Matsumoto, S. / Igura, M. / Nyirenda, J. / Matsumoto, M. / Yuzawa, S. / Noda, N.N. / Inagaki, F. / Kohda, D.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane oligosaccharyl transferase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2931
ポリマ－19,2931
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.046, 47.046, 159.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane oligosaccharyl transferase, putative


分子量: 19292.887 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal globular domain / 変異: C482A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_0329 / プラスミド: pET-47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: O29918, EC: 2.4.1.119
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG 3350, 0.1M bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射モノクロメーター: a double-crystal monochromator and a horizontal focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 19197 / Num. obs: 18986 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 27 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 98.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 24.8 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 13 / Num. unique all: 853 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→40.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 234062.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1838 9.9 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.226 19016 --
obs0.223 18598 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7233 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----3.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1301 0 0 154 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.52.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 268 9.2 %
Rwork0.24 2654 -
obs-2922 95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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