PDB-3vgk: Crystal structure of a ROK family glucokinase from Streptomyces g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vgk

タイトル

Crystal structure of a ROK family glucokinase from Streptomyces griseus

要素

Glucokinase

キーワード

TRANSFERASE / ROK family / glucokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucokinase / glucokinase activity / glycolytic process / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Tabei, N. / Morita, S. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
著者: Miyazono, K. / Tabei, N. / Morita, S. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vgk.cif.gz	887.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vgk.ent.gz	751.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vgk_validation.pdf.gz	507.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vgk_full_validation.pdf.gz	557.8 KB	表示
XML形式データ	3vgk_validation.xml.gz	85.2 KB	表示
CIF形式データ	3vgk_validation.cif.gz	115.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/3vgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/3vgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vglC 3vgmSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pta-d 6bsi-d 4b3p-d 3q8y-d 5guv-d 5j9w-2 6kdo-2 5ji2-3 22368 6v0v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucokinase

B: Glucokinase

C: Glucokinase

D: Glucokinase

E: Glucokinase

F: Glucokinase

G: Glucokinase

H: Glucokinase

ヘテロ分子

268 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucokinase

D: Glucokinase

F: Glucokinase

G: Glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucokinase

C: Glucokinase

E: Glucokinase

H: Glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.690, 173.700, 124.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	3 - 313	3 - 313
2	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	2 - 313	2 - 313
3	LEU	LEU	GLN	GLN	C	C	3 - 312	3 - 312
4	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	3 - 313	3 - 313
5	LEU	LEU	GLN	GLN	E	E	3 - 312	3 - 312
6	LEU	LEU	GLN	GLN	F	F	3 - 312	3 - 312
7	LEU	LEU	GLY	GLY	G	G	3 - 313	3 - 313

#1: タンパク質	Glucokinase 分子量: 33443.648 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: JCM 4626 / NBRC 13350 / 遺伝子: glkA, SGR_5377 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: B1VZT1, glucokinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 16% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.25→20 Å / Num. obs: 60768 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 76.659 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.15

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
3.25-3.33		0.932	0.829	2.14	18377	4688	4576	0.954	97.6
3.33-3.43		0.713	0.661	2.83	17883	4493	4408	0.76	98.1
3.43-3.53		0.664	0.631	3.26	17678	4440	4326	0.723	97.4
3.53-3.63		0.678	0.589	3.15	15054	4269	3846	0.68	90.1
3.63-3.75		0.251	0.272	6.36	14271	4126	3739	0.317	90.6
3.75-3.88		0.296	0.274	5.92	15785	4026	3859	0.315	95.9
3.88-4.03		0.257	0.235	7.05	15362	3869	3707	0.27	95.8
4.03-4.2		0.157	0.152	9.31	15449	3736	3650	0.174	97.7
4.2-4.38		0.111	0.116	11.26	14851	3576	3508	0.132	98.1
4.38-4.6		0.093	0.096	12.78	14173	3441	3375	0.11	98.1
4.6-4.84		0.085	0.086	13.64	13439	3264	3205	0.099	98.2
4.84-5.14		0.077	0.081	14	12732	3083	3034	0.092	98.4
5.14-5.49		0.074	0.078	14.48	11990	2899	2857	0.089	98.6
5.49-5.93		0.067	0.077	15.14	11196	2704	2662	0.088	98.4
5.93-6.5		0.058	0.068	16.51	10291	2483	2444	0.078	98.4
6.5-7.27		0.042	0.056	19.05	9296	2255	2219	0.064	98.4
7.27-8.39		0.033	0.048	22.17	8186	1999	1972	0.055	98.6
8.39-10.28		0.029	0.045	24.45	6894	1688	1665	0.052	98.6
10.28-14.53		0.027	0.044	25.57	5312	1326	1291	0.05	97.4
	14.53	0.025	0.045	25.39	1665	743	425	0.052	57.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VGM

3vgm

解像度: 3.25→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 55.695 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2644	6121	10.1 %	RANDOM
R_work	0.2059	-	-	-
obs	0.2119	60748	96.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.96 Å² / B_iso mean: 87.3443 Å² / B_iso min: 53.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18124	0	18	0	18142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	18460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.449	1.951	25029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	29963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.464	5	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.942	23.434	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.556	15	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.879	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	21483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.469	1.5	12116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.081	1.5	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.899	2	19057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.008	3	6344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.828	4.5	5972

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3808 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.54	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.64	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
7	G	MEDIUM POSITIONAL	0.7	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.3	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.32	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.34	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.33	2
5	E	MEDIUM THERMAL	0.32	2
6	F	MEDIUM THERMAL	0.27	2
7	G	MEDIUM THERMAL	0.34	2

LS精密化シェル

解像度: 3.25→3.332 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	447	-
R_work	0.322	4006	-
all	-	4453	-
obs	-	-	97.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6877	0.1943	-0.309	1.7839	-0.5395	2.6183	0.0512	0.1135	-0.073	0.0135	0.0952	0.0806	-0.137	0.0335	-0.1464	0.0111	-0.0023	-0.0082	0.0447	0.0187	0.082	110.8296	86.432	38.8226
2	1.4112	0.1538	-1.5601	1.2215	0.3137	1.9428	-0.0576	0.0309	-0.011	0.1338	0.0911	-0.0349	0.104	0.0541	-0.0336	0.1293	-0.0169	-0.0292	0.1293	-0.0864	0.0761	56.223	148.1455	64.2169
3	2.1188	0.1692	-0.0904	0.868	0.5701	0.3958	-0.0754	-0.0379	0.0263	-0.0899	-0.0332	0.1827	-0.058	-0.0021	0.1086	0.0997	-0.0516	-0.0393	0.1542	-0.1061	0.1508	49.7468	129.7026	38.0032
4	0.5713	0.4256	0.1832	1.3076	0.8506	0.5868	0.0433	0.2526	0.0456	-0.0959	-0.1027	0.0508	-0.0837	-0.1489	0.0593	0.114	0.0892	-0.0222	0.2323	-0.0321	0.0773	84.9025	105.3312	7.8328
5	2.4785	-0.0341	-1.7419	1.5671	-0.7974	2.5104	0.0077	-0.0522	0.0725	-0.0346	-0.0212	0.1897	0.0145	-0.0236	0.0135	0.0476	-0.0156	-0.0263	0.0371	-0.0155	0.0668	88.9032	148.3504	26.6537
6	0.629	-0.3702	0.0434	1.7678	0.789	2.4898	0.1064	-0.0651	-0.0373	-0.0247	-0.0133	-0.2057	-0.19	0.0056	-0.093	0.061	0.0283	-0.0414	0.1114	-0.0489	0.0723	104.5289	86.641	-10.5069
7	2.7035	0.6651	0.1542	0.7355	-0.0895	0.2367	-0.0499	0.1079	-0.0633	-0.1849	0.1395	-0.0846	-0.0646	-0.0121	-0.0897	0.1431	-0.0625	0.0334	0.0975	-0.0517	0.1485	131.6422	103.6078	20.4028
8	2.8866	0.3584	-0.5218	2.2839	-0.6323	1.6101	-0.1527	-0.6477	-0.1891	0.5698	-0.0993	-0.4214	0.2507	0.4946	0.252	0.3519	0.1364	-0.1362	0.4591	0.0811	0.1532	96.1936	131.096	53.3836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 313
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 312

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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