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- PDB-3vej: Crystal structure of the Get5 carboxyl domain from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vej
タイトルCrystal structure of the Get5 carboxyl domain from S. cerevisiae
要素Ubiquitin-like protein MDY2
キーワードPROTEIN BINDING / alpha helical / dimerization / homodimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / TRC complex / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic stress granule / protein-macromolecule adaptor activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Get5 dimerization domain / Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / : / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. ...Get5 dimerization domain / Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / : / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ubiquitin-like protein MDY2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Chartron, J.W. / Vandervelde, D.G. / Rao, M. / Clemons Jr., W.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Get5 Carboxyl-terminal Domain Is a Novel Dimerization Motif That Tethers an Extended Get4/Get5 Complex.
著者: Chartron, J.W. / Vandervelde, D.G. / Rao, M. / Clemons, W.M.
履歴
登録2012年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein MDY2
B: Ubiquitin-like protein MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5643
ポリマ－9,4692
非ポリマー951
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.020, 46.340, 28.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-like protein MDY2 / Golgi to ER traffic protein 5 / Mating-deficient protein 2 / Translation machinery-associated protein 24


分子量: 4734.325 Da / 分子数: 2 / 断片: carboxyl domain residues 175-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GET5, MDY2, TMA24, YOL111C / プラスミド: pET-33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q12285
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 3.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→46.34 Å / Num. obs: 18288 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 11.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.63
反射 シェル解像度: 1.23→1.26 Å / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 1302 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.23→24.839 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Mixed isotropic and anisotropic / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2039 1089 5.96 %Random 6%
Rwork0.1766 ---
obs0.1782 18274 97.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.409 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4035 Å2-0 Å2-0.8457 Å2
2---1.177 Å2-0 Å2
3---1.5804 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→24.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数655 0 5 86 746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0821020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.637288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2299-1.28590.35871410.30972084X-RAY DIFFRACTION96
1.2859-1.35370.27231210.25192161X-RAY DIFFRACTION99
1.3537-1.43850.24311160.19842153X-RAY DIFFRACTION98
1.4385-1.54960.19141350.16492202X-RAY DIFFRACTION99
1.5496-1.70550.21530.1482114X-RAY DIFFRACTION98
1.7055-1.95220.17141540.16112140X-RAY DIFFRACTION98
1.9522-2.45920.21081340.16562155X-RAY DIFFRACTION98
2.4592-24.84380.1871350.17142176X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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