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- PDB-3ve5: Structure of recombination mediator protein RecR16-196 deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ve5
タイトルStructure of recombination mediator protein RecR16-196 deletion mutant
要素Recombination protein recR
キーワードRECOMBINATION / HhH domain / Zinc Finger / DNA repair / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombination / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Recombination protein RecR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tang, Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: RecOR complex including RecR N-N dimer and RecO monomer displays a high affinity for ssDNA
著者: Tang, Q. / Gao, P. / Liu, Y.P. / Gao, A. / An, X.M. / Liu, S. / Yan, X.X. / Liang, D.C.
履歴
登録2012年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Recombination protein recR
A: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5167
ポリマ－43,1782
非ポリマー3385
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.384, 84.753, 72.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Recombination protein recR / RecR Recombinational DNA repair protein


分子量: 21588.881 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: recR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RDI4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.15
詳細: 14%(w/v) PEG33500, 100mM Mes, 150mM Ammonium Sulfate, pH 5.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9875 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 13020 / Biso Wilson estimate: 52.53 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VDP

3vdp


解像度: 2.8→19.933 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8313 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 639 4.91 %
Rwork0.194 12381 -
obs0.1958 13020 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.955 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.83 Å2 / Biso mean: 55.2035 Å2 / Biso min: 13.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6793 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6197 Å20 Å2
3---2.0596 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 17 53 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4583661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.216974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-3.01560.30371270.2752314244194
3.0156-3.31780.28421340.22012420255498
3.3178-3.7950.25521340.194624882622100
3.795-4.77050.16491140.153725462660100
4.7705-19.93330.2241300.19712613274398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18990.1680.48930.18340.441.29480.0555-0.4785-0.0846-0.68190.08720.54510.0874-0.3625-0.16510.5109-0.00370.17870.4370.03720.5377-6.70325.019-65.808
20.73150.43180.80580.6359-0.07651.49240.2939-0.1408-0.4458-0.1864-0.28290.39430.6053-0.23370.05280.1508-0.00450.02160.143-0.0650.15332.15614.021-64.961
30.5625-0.4820.47681.1906-0.3383.61730.0310.32830.6185-0.0066-0.2013-0.14610.1478-0.2693-0.04930.14410.05690.04620.30650.21490.28932.62224.012-81.849
40.87730.88350.24780.86260.23640.0890.1735-0.0295-0.2151-0.1225-0.5820.76760.26350.51430.27420.18620.1394-0.02010.84270.31360.4737-3.57923.665-88.073
51.39480.845-0.12372.71790.93760.45960.38520.5627-0.3483-0.5202-0.8682-0.1980.44380.72870.43280.20390.0753-0.00380.80570.03830.1448-1.85622.104-94.495
60.8787-0.308-0.43850.413-0.33290.51920.14051.23650.09790.0598-0.7847-0.378-0.35911.1141-0.1106-0.84351.53012.3388-0.7798-2.9425-5.378-10.28419.931-100.484
72.5416-1.64380.86222.0766-1.69842.7883-0.2235-0.1255-0.0680.80320.3367-0.08840.0807-0.05190.05350.30340.2813-0.07140.52020.04620.151-12.31217.754-84.996
80.9793-0.5139-0.80163.66620.80320.6725-0.40220.0537-0.1155-0.04220.21610.160.19150.18530.01750.6580.2277-0.01550.6575-0.00220.57-12.5619.179-93.055
90.87040.4158-0.17260.9472-0.50980.24760.3345-0.36470.01120.0964-0.3483-0.04460.09151.05240.02230.26810.1389-0.01220.3951-0.01680.0678-16.83325.352-84.008
100.9708-0.63590.24191.0412-0.34330.22390.17470.31920.073-0.1942-0.2884-0.14390.12420.26370.06860.24270.10830.01630.41310.04180.2119-17.9429.002-93.413
113.41860.11671.25091.6246-0.09060.46910.1017-0.9099-0.43640.14780.04-0.13960.2031-0.4181-0.05130.23420.0344-0.0530.2873-0.01720.121-24.64619.14-78.363
120.97950.0273-0.37061.6484-0.90740.84870.77570.62891.60171.54260.03722.2542-0.1141-0.0512-0.1534-2.82322.2827-0.9169-1.52030.4991-0.5112-26.75126.682-90.779
131.01581.2718-0.01581.55230.00520.00590.1227-0.934-0.0093-0.1966-0.05710.05370.17240.20920.22280.5934-0.0930.16240.75830.22890.8007-24.91810.871-82.867
140.7127-1.6455-0.91074.8922.28731.2044-0.1549-1.01450.0997-0.9308-0.08940.57870.81090.32840.16770.61960.162-0.08140.50470.010.64-16.8038.721-83.595
150.0303-0.0189-0.0909-0.00590.03090.03110.31340.26090.32850.03640.3692-0.53770.1247-0.9569-0.11380.63180.0991-0.33030.5889-0.09540.7934-25.57212.743-94.215
160.9218-0.1930.31550.72570.06040.1399-0.10970.2868-0.2079-0.0640.45980.1164-0.2438-0.3876-0.1440.26570.1058-0.0110.38520.04650.2983-4.32621.946-75.152
170.3220.5183-0.09380.9684-0.54550.7063-0.09030.2956-0.01730.4404-0.2662-0.619-0.67220.6552-0.00730.2044-0.09760.0290.24540.2260.4436.023329.9688-72.2141
183.89270.695-0.57331.88550.4483.63430.0619-0.51310.23530.1764-0.2775-0.00830.4222-0.03430.28030.1965-0.0801-0.02810.22240.00620.11082.162917.8005-54.743
190.36580.8551-0.32363.8597-1.45121.02560.8446-0.47580.69630.965-0.08791.1396-0.86650.6931-0.38210.5679-0.17350.31790.2209-0.18220.4411-8.8620.9662-45.998
201.0123-0.1775-0.41022.783-2.05023.60430.46610.11960.48420.2706-0.33760.97120.03490.2698-0.05870.2883-0.03230.14210.2884-0.07860.4252-14.067113.0808-54.4147
210.2848-0.7882-0.41274.53133.39342.753-0.0227-0.14640.0195-0.0731-0.3272-0.1711-0.1014-0.54720.30430.620.23780.21580.5706-0.12790.8144-21.129221.492-54.2581
221.2086-0.2939-0.22992.98880.08511.2271-0.0647-0.3568-0.1206-0.20730.15750.23470.15160.0852-0.02730.2386-0.12720.0670.1753-0.08180.2077-12.49996.4555-52.5141
230.9898-0.17542.36910.0556-0.4425.77810.453-0.1831-0.17290.7699-0.2236-0.02440.23090.591-0.10140.5952-0.14060.11940.3499-0.13180.1592-6.51680.8164-48.4159
241.20561.23292.10651.27822.15683.7349-0.1464-0.52290.3660.515-0.0196-0.32090.19040.9372-0.02730.6834-0.1960.10610.586-0.09010.4019-8.96087.2353-38.8093
250.46070.1615-0.35350.18580.25351.67410.1419-0.3650.6390.17080.39941.1953-0.15170.0023-0.15980.4553-0.04570.28890.3666-0.16520.4-19.048510.5874-42.7471
260.79460.41051.26482.8470.31552.0718-0.48120.36410.2953-0.0965-0.87970.60890.1324-0.07310.68190.2607-0.0558-0.00220.3683-0.14120.7384-19.8790.2459-58.2338
270.96670.5738-0.59021.451-0.38062.18280.0322-0.1499-0.17760.3845-0.53990.87870.3878-0.12040.19690.5195-0.140.18420.3027-0.14440.3499-17.9541-1.0575-46.6013
280.00530.0223-0.02383.0203-0.87740.2457-0.14110.1056-0.36590.6247-0.26290.26870.25410.01890.33991.5166-0.43520.64790.5944-0.13180.6888-19.5283.1953-35.9305
290.57370.66390.31880.80260.29530.13940.6680.15020.3068-0.8095-0.22970.6192-0.23570.2781-0.10950.49470.01510.15790.4008-0.07710.5731-25.26486.7962-54.2749
30-0.030.1339-0.05810.06550.032-0.0483-0.06290.42940.49860.3252-0.30911.17490.6654-0.86980.20440.3731-0.03710.23710.5087-0.11450.9695-25.285213.1857-55.5474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 17:24)A17 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 25:39)A25 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 40:58)A40 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 59:63)A59 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 64:69)A64 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 70:81)A70 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 82:91)A82 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 92:97)A92 - 97
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 98:118)A98 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 119:141)A119 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 142:146)A142 - 146
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 147:167)A147 - 167
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 168:176)A168 - 176
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 177:186)A177 - 186
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 187:196)A187 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 18:31)D18 - 31
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 32:43)D32 - 43
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 44:58)D44 - 58
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 59:79)D59 - 79
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 80:91)D80 - 91
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 92:97)D92 - 97
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 98:116)D98 - 116
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 117:123)D117 - 123
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 124:131)D124 - 131
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 132:141)D132 - 141
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 142:146)D142 - 146
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 147:158)D147 - 158
28X-RAY DIFFRACTION28(chain D and resid 159:164)D159 - 164
29X-RAY DIFFRACTION29(chain D and resid 165:176)D165 - 176
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 177:196)D177 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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