PDB-3vdm: Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase which c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vdm

タイトル

Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase which catalyzes non-glycosidic C-N coupling in Validamycin A biosynthesis

要素

VldE

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

validamine 7-phosphate valienyltransferase / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Cavalier, M.C. / Yim, Y.-S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Mahmud, T. / Lee, Y.-H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase which catalyzes non-glycosidic C-N coupling in Validamycin A biosynthesis
著者: Cavalier, M.C. / Yim, Y.-S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Mahmud, T. / Lee, Y.-H.

履歴

登録	2012年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vdm.cif.gz	384.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vdm.ent.gz	317.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vdm_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vdm_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	3vdm_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	3vdm_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vdn
類似構造データ	4f96-d 6a6g-d 6bmq-1 3ez7-1 7dmu-2 4f9f-1 6rkg-3 4qqz-1 6ilh-d 5zok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VldE

B: VldE

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VldE

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VldE

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.237, 48.562, 123.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.88, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	VldE / pseudo-glycosyltransferase 分子量: 55006.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア) 遺伝子: vldE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q15JG1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 20-35% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9479 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9479 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→122.983 Å / Num. all: 70660 / Num. obs: 69317 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.08 Å / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→49.103 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 9.22 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.7 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22191	3559	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18754	-	-	-
obs	0.18933	66548	98.75 %	-
all	-	67391	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7474	0	0	489	7963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	7648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.938	10427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.475	5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.673	22.732	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.149	15	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.296	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.372	1.5	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.124	2	7647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.47	3	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.15	4.5	2780

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	265	-
R_work	0.293	4608	-
obs	-	-	92.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2986	-1.7223	0.2448	1.5458	-0.2668	0.2672	-0.2093	-0.3747	0.2044	0.1462	0.1672	0.011	0.0331	-0.2607	0.042	0.1657	-0.0115	-0.0093	0.4302	-0.177	0.1908	9.623	-16.481	21.964
2	1.6024	0.2968	-0.1706	0.2935	0.0711	0.7262	-0.0538	-0.2486	0.134	0.0364	-0.0226	0.028	0.0996	-0.0773	0.0764	0.1881	0.0109	-0.0602	0.0807	-0.0362	0.1386	31.968	-21.491	13.974
3	0.7863	-0.2062	0.152	0.79	-0.3924	1.1922	-0.0546	0.1586	0.1422	0.097	-0.0337	0.0106	-0.0954	-0.2659	0.0883	0.1507	0.023	-0.0807	0.1432	-0.0104	0.1686	20.492	-10.244	-8.017
4	1.6456	-0.6022	0.7074	0.436	-0.8412	1.9846	-0.2521	-0.3183	-0.0752	0.0633	-0.0392	-0.1145	-0.0883	0.3816	0.2913	0.148	0.0285	-0.0129	0.3263	0.0693	0.2097	33.817	-34.708	-39.068
5	1.7889	0.033	0.4413	0.2755	-0.0796	0.793	-0.2187	-0.2512	0.0094	0.029	0.0786	-0.0551	-0.1652	0.0107	0.1401	0.2206	0.0397	-0.0201	0.0773	0.0011	0.0991	12.381	-28.689	-47.73
6	1.0595	-0.2131	-0.0145	0.8399	0.285	1.1137	-0.1524	0.2369	-0.134	0.0544	0.0565	-0.1038	0.0049	0.304	0.0959	0.1239	-0.0332	0.036	0.1436	-0.0074	0.1391	24.269	-40.31	-69.2

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	88 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 481
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	93 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	269 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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