PDB-3vdk: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 pl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vdk

タイトル

Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 platinum-bound form

要素

Circumsporozoite (CS) protein

キーワード

CELL INVASION / TSR / aTSR

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.847 Å

データ登録者

Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unexpected fold in the circumsporozoite protein target of malaria vaccines.
著者: Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2012年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月16日	Group: Database references
改定 1.2	2012年5月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vdk.cif.gz	43.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vdk.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vdjC 3vdlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vdl-1 3vdl-2 3vdl-3 3vdj-d 1vmb-d 3q0h-1 1wv8-d 2yxf-d 2kfo-d 1ocp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circumsporozoite (CS) protein

ヘテロ分子

9.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Circumsporozoite (CS) protein

ヘテロ分子

A: Circumsporozoite (CS) protein

ヘテロ分子

A: Circumsporozoite (CS) protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.534, 66.534, 86.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH
2	1	A-544- HOH

#1: タンパク質	Circumsporozoite (CS) protein 分子量: 8902.075 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFC0210c / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7K740
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.07195 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.847→50 Å / Num. all: 6265 / Num. obs: 6265 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 42.6
反射シェル	解像度: 1.847→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6375 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.847→33.267 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2168	625	9.98 %	RANDOM
R_work	0.1759	-	-	-
obs	0.18	6264	96.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.642 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.1249 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.1249 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.745 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.847→33.267 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	567	0	1	52	620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.907	228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	82
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	101

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.847-2.0326	0.2499	137	0.1962	1255	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0326-2.3267	0.2411	155	0.1631	1428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3267-2.9311	0.2466	163	0.1726	1452	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9311-33.2724	0.1934	170	0.1777	1504	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1043	0.0822	-0.046	0.0655	-0.0409	0.0255	-0.1261	0.5208	-0.5636	-0.4177	0.0011	-0.4743	0.1787	0.2462	0.0001	0.3495	-0.0142	-0.0106	0.3613	0.0108	0.3227	-4.8631	25.5784	21.4149
2	0.3505	-0.0325	-0.2356	0.3874	0.0065	0.1587	-0.0294	0.2373	-0.066	-0.445	0.0237	-0.0188	-0.0161	-0.0801	0.0002	0.2867	-0.0003	0.0113	0.2859	0.01	0.2004	7.1475	35.5853	25.7625
3	0.0516	-0.0541	0.0421	0.0548	-0.0424	0.0329	-0.025	-0.4255	0.1607	0.2172	-0.0993	-0.0842	-0.1848	-0.2754	0.0002	0.2218	0.0233	-0.0122	0.2615	-0.0313	0.2638	16.1086	37.1981	32.138
4	0.4975	0.5449	0.3966	0.7318	0.1813	0.641	0.1262	-0.0028	-0.2954	0.0906	-0.0842	-0.2251	0.2019	-0.0768	-0	0.2224	0.0096	-0.0123	0.2469	0.0207	0.2635	9.7587	28.1544	33.3941
5	0.84	0.4279	0.7865	0.3665	0.3124	0.7944	-0.3542	0.5004	-0.368	-0.2533	0.2891	-0.2108	0.1928	0.2876	-0.0359	0.3489	0.0475	0.0715	0.2411	-0.0468	0.5142	24.6318	28.6844	24.3089
6	0.0426	0.3196	-0.2445	3.0841	-2.3022	1.7289	-0.6631	0.2236	1.2396	-1.1546	0.3034	0.2992	0.228	-0.2627	-0.0301	0.3687	-0.0547	0.0276	0.3532	-0.0957	0.5149	20.8969	35.7495	20.5271
7	0.0434	-0.0767	0.0045	0.4656	-0.2177	0.1154	0.2142	-0.104	0.0938	0.0981	0.1972	-0.1888	-0.0624	0.2932	0.0003	0.3048	-0.0082	0.0474	0.3405	-0.06	0.3999	11.0177	25.9132	25.6023
8	0.0837	-0.0655	-0.0773	0.2097	0.1593	0.1234	0.3024	-0.647	0.3375	0.3056	0.0134	0.2089	-0.0255	-0.3708	0.001	0.3444	-0.0121	0.0903	0.4776	0.0387	0.3994	-6.3216	28.2835	40.8415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 306:312)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 313:322)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 323:327)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 328:346)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 347:354)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 355:359)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 360:370)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 371:376)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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