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- PDB-3vdh: Crystal structure of PbGH5A, a glycoside hydrolase family 5 enzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vdh
タイトルCrystal structure of PbGH5A, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from Prevotella bryantii B14
要素B-1,4-endoglucanase
キーワードHYDROLASE / ENDO-BETA-GLUCANASE/ENDO-XYLOGLUCANASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / MIXED ALPHA-BETA / TIM BARREL / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-1,4-endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella bryantii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
著者: McGregor, N. / Morar, M. / Fenger, T.H. / Stogios, P. / Lenfant, N. / Yin, V. / Xu, X. / Evdokimova, E. / Cui, H. / Henrissat, B. / Savchenko, A. / Brumer, H.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月18日ID: 3L55
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Other
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32015年12月23日Group: Database references
改定 1.42016年2月17日Group: Database references
改定 1.52016年6月22日Group: Structure summary
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-1,4-endoglucanase
B: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1945
ポリマ－80,0882
非ポリマー1063
水16,430912
1
A: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1153
ポリマ－40,0441
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0792
ポリマ－40,0441
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.908, 85.254, 74.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 B-1,4-endoglucanase


分子量: 40044.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella bryantii (バクテリア)
プラスミド: PET101-11079 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06842
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M CALCIUM ACETATE HYDRATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 18% PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 83351 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 38.95
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 61.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2JEQ

2jeq


解像度: 1.62→26.354 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 1951 2.46 %random
Rwork0.1512 ---
obs0.1524 79400 91.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.549 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5858 Å20 Å2-5.176 Å2
2--3.2826 Å20 Å2
3----0.6802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→26.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5439 0 3 912 6354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2227703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0941987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.67790.31611820.29396976X-RAY DIFFRACTION84
1.6779-1.74510.28471950.24237580X-RAY DIFFRACTION89
1.7451-1.82450.24651910.19747565X-RAY DIFFRACTION90
1.8245-1.92060.22991890.16537660X-RAY DIFFRACTION91
1.9206-2.04090.24771910.15447694X-RAY DIFFRACTION91
2.0409-2.19840.17921950.14097781X-RAY DIFFRACTION92
2.1984-2.41950.21842030.13647892X-RAY DIFFRACTION93
2.4195-2.76930.19051930.14388042X-RAY DIFFRACTION94
2.7693-3.48780.18682000.14068056X-RAY DIFFRACTION95
3.4878-26.35710.17032120.13878203X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69810.09221.30660.8412-0.35581.4341-0.19340.54520.2443-0.10690.0732-0.1035-0.080.58380.06880.108-0.0850.01690.3170.04770.1081.178536.96749.4175
21.85410.11011.0961.701-0.21652.33930.08890.0867-0.1398-0.03410.09170.10810.181-0.0614-0.17170.0918-0.0218-0.010.1151-0.00140.1164-12.626826.066115.4509
31.5547-0.39290.87831.1774-0.55780.65320.4270.6481-0.6428-0.22240.0735-0.030.71930.5269-0.29490.33250.1085-0.12970.2628-0.15950.2944-1.654514.828511.9902
41.33910.13570.79481.51980.06151.61810.0585-0.1319-0.01280.0331-0.01880.1436-0.0005-0.0662-0.04410.08570.00980.00690.1169-0.00680.11390.305322.959749.3311
51.50090.10760.32590.8841-0.14082.268-0.01050.00730.10380.0363-0.0792-0.0705-0.30920.38530.05120.1127-0.0319-0.02250.1681-0.00590.13613.01231.417847.2832
61.27690.0479-0.01091.84540.18931.35390.12030.1126-0.119-0.0436-0.0256-0.21450.22320.4869-0.11130.13270.0883-0.03110.2911-0.0260.183817.742315.991838.7742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 7:206
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 207:294
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 295:353
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 6:179
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 180:294
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 295:353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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