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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vcy | ||||||
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タイトル | Structure of MurA (UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase), from Vibrio fischeri in complex with substrate UDP-N-acetylglucosamine and the drug fosfomycin. | ||||||
要素 | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / MurA / fosfomycin / peptidoglycan / Amino sugar and nucleotide sugar metabolism / Peptidoglycan biosynthesis / Cytosol / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio fischeri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.925 Å | ||||||
データ登録者 | Bensen, D.C. / Rodriguez, S. / Nix, J. / Cunningham, M.L. / Tari, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012 タイトル: Structure of MurA (UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase) from Vibrio fischeri in complex with substrate UDP-N-acetylglucosamine and the drug fosfomycin. 著者: Bensen, D.C. / Rodriguez, S. / Nix, J. / Cunningham, M.L. / Tari, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vcy.cif.gz | 345.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vcy.ent.gz | 279.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vcy_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vcy_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3vcy_validation.xml.gz | 74.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vcy_validation.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/3vcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/3vcy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3lthS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 45800.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: MJ11 / 遺伝子: murA, VFMJ11_0391 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) 参照: UniProt: B5F9P4, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 1187分子
#2: 化合物 | ChemComp-FFQ / [( #3: 化合物 | ChemComp-UD1 / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE UNBOUND FORM OF THE ANTIBIOTIC IS FOSFOMYCIN. UPON REACTION WITH PROTEIN, IT COVALENTLY BINDS ...THE UNBOUND FORM OF THE ANTIBIOTIC |
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配列の詳細 | AUTHOR STATES THAT THE AMINO ACID CHANGE AT THIS POSITION WAS THE RESULT OF A RESTRICTION ENZYME ...AUTHOR STATES THAT THE AMINO ACID CHANGE AT THIS POSITION WAS THE RESULT OF A RESTRICTIO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25 %(w/v) PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→27.9 Å / Num. all: 122583 / Num. obs: 122583 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 4.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LTH 解像度: 1.925→27.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.781 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.476 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.925→27.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.925→1.975 Å / Total num. of bins used: 20
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