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- PDB-3vcx: Crystal structure of a putative glyoxalase/bleomycin resistance p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcx
タイトルCrystal structure of a putative glyoxalase/bleomycin resistance protein from Rhodopseudomonas palustris CGA009
要素Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/dioxygenase domain
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA + BETA / DIHYDROXYBIPHENYL DIOXYGENASE / DIOXYGENASE FOLD / ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEINS FAMILY / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #120 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #110 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/dioxygenase domain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Chang, C. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative glyoxalase/bleomycin resistance protein from Rhodopseudomonas palustris CGA009
著者: Stogios, P.J. / Chang, C. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月18日ID: 3M2O
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/dioxygenase domain
B: Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/dioxygenase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,85110
ポリマ－36,2972
非ポリマー1,5548
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.825, 67.918, 103.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細dimer is in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/dioxygenase domain


分子量: 18148.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0902 / プラスミド: P15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NBC6
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.685768 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.036226 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2N AMMONIUM SULFATE, 2% PEG400, 0.1 M HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 52153 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 11.27 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 35.65
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 68.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→33.959 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 15.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1858 1887 3.93 %random
Rwork0.1521 ---
obs0.1534 48015 95.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.122 Å2-0 Å20 Å2
2--3.0397 Å2-0 Å2
3---0.6336 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→33.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1897 0 70 306 2273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2242789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.056779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.43970.23841640.21633999X-RAY DIFFRACTION85
1.4397-1.49730.23651810.18934427X-RAY DIFFRACTION93
1.4973-1.56550.19741840.16014510X-RAY DIFFRACTION94
1.5655-1.6480.18881870.14444556X-RAY DIFFRACTION96
1.648-1.75130.16511880.13334613X-RAY DIFFRACTION96
1.7513-1.88650.18331920.12994675X-RAY DIFFRACTION97
1.8865-2.07630.16181930.13354742X-RAY DIFFRACTION98
2.0763-2.37670.18951960.14054768X-RAY DIFFRACTION99
2.3767-2.99410.18481970.15374836X-RAY DIFFRACTION99
2.9941-33.96910.18332050.16125002X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09430.1624-0.14591.0594-0.08161.09880.01220.0049-0.1225-0.0076-0.0101-0.09870.12710.23320.01170-0.0118-0.00520.04410.00270.056610.885624.916268.793
21.28660.2502-0.91861.5264-0.55372.45560.13130.1070.0947-0.2351-0.072-0.0227-0.3825-0.0196-0.04170.12510.00460.01670.04880.00130.03247.593132.553951.9817
31.0738-0.0888-0.16811.242-0.07381.27550.00420.03750.0767-0.02540.0185-0.0573-0.2434-0.01340.0099-0.0132-0.00960.00420.0141-0.00710.0433.883741.081269.9712
42.73760.070.48581.2350.00182.5576-0.0464-0.0529-0.16760.22750.0348-0.10470.18610.25490.00470.10370.0233-0.01280.05260.00340.03637.709833.796787.0032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 3:79
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 80:124
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 3:79
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 80:124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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