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- PDB-3vcl: Crystal Structure of HLA-B7 with the HCMV pp65 peptide RPHERNGFTVL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcl
タイトルCrystal Structure of HLA-B7 with the HCMV pp65 peptide RPHERNGFTVL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
  • peptide from Tegument protein pp65
キーワードIMMUNE SYSTEM / Class I Histocompatibility antigen / Antigen presentation / T-cell receptor / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell viral assembly compartment / viral tegument / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...host cell viral assembly compartment / viral tegument / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / HCMV Late Events / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / HCMV Early Events / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Tegument protein pp65 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / 65 kDa phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: The impact of a large and frequent deletion in the human TCR beta locus on antiviral immunity
著者: Brennan, R.M. / Petersen, J. / Neller, M.A. / Miles, J.J. / Burrows, J.M. / Smith, C. / McCluskey, J. / Khanna, R. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide from Tegument protein pp65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,01015
ポリマ－45,0393
非ポリマー97212
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.786, 65.786, 237.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 31962.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド peptide from Tegument protein pp65


分子量: 1328.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
由来: (合成) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: F5HB26, UniProt: Q6SW59*PLUS

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非ポリマー , 3種, 470分子

#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 18% PEG2000-MME, 5-10mM NiCl2, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1
検出器日付: 2009年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→25.281 Å / Num. all: 58565 / Num. obs: 56534 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 27.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h6p

2h6p


解像度: 1.7→25.281 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8701 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 2353 4.05 %RANDOM
Rwork0.1845 55713 --
obs0.1859 56534 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.1 Å2 / Biso mean: 35.476 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 52 458 3648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6994621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.138467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4541287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.76080.29962070.264655365743100
1.7608-1.83130.29312340.236554975731100
1.8313-1.91460.24782460.212654915737100
1.9146-2.01560.2232410.184855285769100
2.0156-2.14180.22352430.177655355778100
2.1418-2.3070.21922210.176755685789100
2.307-2.5390.22982510.183356025853100
2.539-2.9060.22252250.181656445869100
2.906-3.65940.20522420.16957035945100
3.6594-25.2840.20332430.18755609585293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11620.4658-0.14022.56090.63241.91840.08040.0420.1362-0.0472-0.07050.2268-0.4686-0.3214-0.02350.27330.06660.02830.24470.00490.13667.4765-28.15-26.0382
21.2042-0.0247-0.07332.4420.73611.8957-0.030.26130.1123-0.27040.02190.0485-0.6701-0.3465-0.05980.33550.08790.03850.3180.03360.125310.1552-28.3617-35.9826
32.33021.24630.6472.6544-0.08681.7660.09290.0878-0.1608-0.09140.0145-0.5292-0.42510.2771-0.14170.2214-0.02710.06560.2921-0.02770.197920.1061-32.4434-27.9574
41.33350.9796-0.45351.5785-0.2442.12630.06370.2178-0.1712-0.25720.0474-0.549-0.41060.4527-0.07110.2527-0.06770.09340.3222-0.0450.264926.5874-31.9132-34.5754
50.58320.1364-0.47650.5434-0.02222.41350.10550.04350.1731-0.05290.0345-0.0093-0.43540.0255-0.05920.3328-0.04780.02510.0925-0.05220.130712.1268-26.194-2.2657
61.0313-0.202-0.5561.466-0.36913.339-0.0219-0.0877-0.07650.1865-0.0113-0.1675-0.06660.47570.03850.2633-0.06550.01540.2054-0.04950.136516.5483-33.82266.6115
71.75250.1256-0.07721.665-0.52041.5230.1713-0.2330.1480.3111-0.12630.07030.0233-0.39070.00750.1819-0.05720.01590.2679-0.04020.1462.2336-39.5649-10.2664
81.1581.1588-1.15842.7825-2.49795.6321-0.25470.98970.9269-0.51360.75921.46120.1908-1.3663-0.26350.2594-0.02870.01330.59760.00040.4164-8.753-38.2217-14.7017
90.938-0.1211.00492.3826-0.06521.07770.11-0.4360.07210.4489-0.0410.4486-0.0321-0.45360.2909-0.035-0.0458-0.04650.1339-0.0992-0.16021.9874-36.4395-11.7828
101.48850.27880.10742.14261.29482.53030.209-0.2968-0.17350.5434-0.136-0.05570.3996-0.3152-0.04030.2725-0.1088-0.01480.28280.01810.16711.2511-46.9014-7.9351
111.73750.56250.63310.18230.20510.2307-0.00510.3792-0.108-0.11820.2287-0.1774-0.29950.1310.3860.55420.02320.13180.40050.01410.255117.384-26.7947-37.5531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:52)A1 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 53:85)A53 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 86:116)A86 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 117:165)A117 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 166:212)A166 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 213:275)A213 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:43)B1 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 44:51)B44 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 52:78)B52 - 78
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 79:99)B79 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:11)C1 - 11

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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