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万見
- PDB-3vc1: Crystal structure of geranyl diphosphate C-methyltransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vc1
タイトルCrystal structure of geranyl diphosphate C-methyltransferase from Streptomyces coelicolor A3(2) in complex with Mg2+, geranyl-S-thiolodiphosphate, and S-adenosyl-L-homocysteine
要素Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / methyltransferase fold / SAM-dependent methyltransferase / C-methyltransferase / terpenoid biosynthesis / 2-methylisoborneol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase / C-methyltransferase activity / terpene metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Koksal, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure of Geranyl Diphosphate C-Methyltransferase from Streptomyces coelicolor and Implications for the Mechanism of Isoprenoid Modification.
著者: Koksal, M. / Chou, W.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
B: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
C: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
D: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
E: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
F: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
G: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
H: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
I: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
J: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
K: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
L: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,82664
ポリマ－420,48112
非ポリマー10,34552
水34,3011904
1
A: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0557
ポリマ－35,0401
非ポリマー1,0156
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9636
ポリマ－35,0401
非ポリマー9235
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0597
ポリマ－35,0401
非ポリマー1,0196
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7794
ポリマ－35,0401
非ポリマー7393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,0401
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.029, 102.903, 203.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Geranyl diphosphate 2-C-methyltransferase / GPP methyltransferase


分子量: 35040.090 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: orf4, SCBAC12C8.02, SCO7701 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9F1Y5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 1956分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6P2S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日
詳細: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 372879 / Num. obs: 348804 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 34608 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
HKL2Mapモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.82→46.28 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 1859 57 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
all0.1669 348804 --
obs0.1669 324579 92.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.024 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8366 Å2-0 Å22.7913 Å2
2---2.2001 Å20 Å2
3----3.6365 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26616 0 647 1904 29167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01627965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61137961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92610125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8203-1.86950.26211220.234721095X-RAY DIFFRACTION78
1.8695-1.92450.23691320.217322890X-RAY DIFFRACTION85
1.9245-1.98660.27391360.202723681X-RAY DIFFRACTION88
1.9866-2.05760.22791380.183124225X-RAY DIFFRACTION90
2.0576-2.140.22281510.172824606X-RAY DIFFRACTION92
2.14-2.23740.21341390.170924942X-RAY DIFFRACTION93
2.2374-2.35540.19811440.166525176X-RAY DIFFRACTION94
2.3554-2.50290.20791490.171525432X-RAY DIFFRACTION95
2.5029-2.69620.19961470.165525841X-RAY DIFFRACTION96
2.6962-2.96740.20111470.171525998X-RAY DIFFRACTION96
2.9674-3.39670.17761530.168126019X-RAY DIFFRACTION96
3.3967-4.2790.15911500.141525675X-RAY DIFFRACTION95
4.279-46.29520.16611510.149627140X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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