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万見
- PDB-3vbh: Crystal structure of formaldehyde treated human enterovirus 71 (s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vbh
タイトルCrystal structure of formaldehyde treated human enterovirus 71 (space group R32)
要素
  • (Genome Polyprotein, capsid protein ...) x 3
  • Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
キーワードVIRUS / hand-foot-and-mouth disease / enterovirus uncoating / pocket factor / adaptor-sensor / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. ...Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: A sensor-adaptor mechanism for enterovirus uncoating from structures of EV71.
著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D. ...著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. / Rao, Z.
履歴
登録2012年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32012年5月2日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome Polyprotein, capsid protein VP1
B: Genome polyprotein, capsid protein VP2
C: Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
D: Genome Polyprotein, capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8879
ポリマ－92,4514
非ポリマー4365
水3,513195
1
A: Genome Polyprotein, capsid protein VP1
B: Genome polyprotein, capsid protein VP2
C: Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
D: Genome Polyprotein, capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,573,247540
ポリマ－5,547,079240
非ポリマー26,168300
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Genome Polyprotein, capsid protein VP1
B: Genome polyprotein, capsid protein VP2
C: Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
D: Genome Polyprotein, capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 464 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,43745
ポリマ－462,25720
非ポリマー2,18125
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Genome Polyprotein, capsid protein VP1
B: Genome polyprotein, capsid protein VP2
C: Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
D: Genome Polyprotein, capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 557 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,32554
ポリマ－554,70824
非ポリマー2,61730
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Genome Polyprotein, capsid protein VP1
B: Genome polyprotein, capsid protein VP2
C: Genome Polyprotein, vapsid protein VP3
D: Genome Polyprotein, capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 929 kDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)928,87490
ポリマ－924,51340
非ポリマー4,36150
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)330.000, 330.000, 748.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.3086, 0.7561, 0.5771), (-0.756, 0.5632, -0.3336), (-0.5773, -0.3333, 0.7454)
3generate(-0.8091, 0.467, 0.3567), (-0.467, -0.1425, -0.8727), (-0.3567, -0.8727, 0.3334)
4generate(-0.809, -0.4675, -0.3564), (0.4669, -0.1428, -0.8727), (0.3571, -0.8724, 0.3338)
5generate(0.3094, -0.7559, -0.577), (0.7556, 0.5638, -0.3335), (0.5774, -0.3328, 0.7456)
6generate(-0.934, 0.3573), (0.3569, -0.3337, -0.8725), (0.9341, 0.1277, 0.3333)
7generate(0.5, -0.6452, 0.5776), (0.866, 0.3726, -0.3334), (0.6669, 0.7451)
8generate(0.3087, -0.1781, 0.9343), (0.1781, 0.9758, 0.1271), (-0.9343, 0.1272, 0.333)
9generate(-0.3091, -0.1781, 0.9342), (-0.7558, 0.6422, -0.1277), (-0.5772, -0.7456, -0.3331)
10generate(-0.5, -0.6455, 0.5774), (-0.6451, -0.1672, -0.7456), (0.5778, -0.7452, -0.3329)

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要素

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Genome Polyprotein, capsid protein ... , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Genome Polyprotein, capsid protein VP1 / EV71


分子量: 32727.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
株: FUYANG, ANHUI. P.R.C/17.08/1 / 参照: UniProt: B2ZUN0
#2: タンパク質 Genome polyprotein, capsid protein VP2 / EV71


分子量: 26874.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
株: FUYANG, ANHUI. P.R.C/17.08/1 / 参照: UniProt: B2ZUN1, UniProt: B2ZUN0*PLUS
#4: タンパク質 Genome Polyprotein, capsid protein VP4 / EV71


分子量: 6380.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
株: FUYANG, ANHUI. P.R.C/17.08/1 / 参照: UniProt: B2ZUN0

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Genome Polyprotein, vapsid protein VP3 / EV71


分子量: 26468.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN VERO CELLS
由来: (天然) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
株: FUYANG, ANHUI. P.R.C/17.08/1 / 参照: UniProt: B2ZUN0

-
非ポリマー , 5種, 200分子

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS INDICATE THAT BASED ON ELECTRON DENSITY MAPS, A225 IS MET.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 45

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG400, 0.2 M tri-Sodium Citrate, 0.1 M Tris.HCl pH 8.5 mixed with virus and equilibrated against salt reservoir , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 405370 / % possible obs: 59.1 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 10180 / % possible all: 59.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VBF

3vbf


解像度: 2.3→49.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 38230274.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED STRICT NCS CONSTRAINTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3978 1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 393831 57.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.7372 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.52 Å20 Å20 Å2
2--2.52 Å20 Å2
3----5.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6508 0 25 195 6728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.838
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.7916
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.7612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.5220
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 167 0.9 %
Rwork0.344 17730 -
obs--15.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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