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- PDB-3vba: Crystal structure of methanogen 3-isopropylmalate isomerase small... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vba
タイトルCrystal structure of methanogen 3-isopropylmalate isomerase small subunit
要素Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
キーワードLYASE / LeuD / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


maleate hydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase activity / maleate hydratase activity / 3-isopropylmalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase activity / L-leucine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Hydrolyase LeuD/HacB/DmdB / 3-isopropylmalate dehydratase, swivel domain / : / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Lee, E.H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of LeuD from Methanococcus jannaschii.
著者: Lee, E.H. / Cho, Y.W. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2012年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
B: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
C: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
D: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
E: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
F: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8296
ポリマ－116,8296
非ポリマー00
水12,989721
1
A: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
B: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9432
ポリマ－38,9432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
2
C: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
D: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9432
ポリマ－38,9432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
3
E: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit
F: Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9432
ポリマ－38,9432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.836, 107.138, 288.714
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Isopropylmalate/citramalate isomerase small subunit / (R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-citramalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase / ...(R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-citramalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase / Alpha-isopropylmalate dehydratase / Citraconate hydratase / Isopropylmalate isomerase / IPMI / Maleate hydratase / Malease


分子量: 19471.545 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: leuD, MJ1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58673, 3-isopropylmalate dehydratase, (R)-2-methylmalate dehydratase, maleate hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 25% PEG MME 2000, 0.1M Tris-HCl , pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: msc saturna200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 71994 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.45 Å2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.895 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8467 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 3571 4.96 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
obs0.1992 71994 98.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.385 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.8 Å2 / Biso mean: 23.9456 Å2 / Biso min: 6.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7812 Å2-0 Å20 Å2
2---1.0152 Å2-0 Å2
3---1.7964 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 0 721 8356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0910440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3332986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.07150.29553550.22166673702899
2.0715-2.15440.27053380.20566797713599
2.1544-2.25250.23763420.18836828717099
2.2525-2.37120.27013620.19666694705699
2.3712-2.51980.24623650.19396751711699
2.5198-2.71430.26333560.20636829718599
2.7143-2.98740.25833580.2076856721499
2.9874-3.41950.253630.19646933729699
3.4195-4.30770.22763660.18916952731899
4.3077-43.90560.20753660.18877110747697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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