PDB-3vaa: 1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Shikimate Kinase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vaa

タイトル

1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Shikimate Kinase from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

Shikimate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / metal binding

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate kinase / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Minasov, G. / Light, S.H. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Shikimate Kinase from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Minasov, G. / Light, S.H. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vaa.cif.gz	253.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vaa.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vaa_validation.pdf.gz	495.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vaa_full_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示
XML形式データ	3vaa_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	3vaa_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pt5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l5h-2 6kzx-d 5z9f-2 5z4o-1 6rvo-d 4lp0-d 4eko-d 4dj1-d 4l2j-d 5bod-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91206

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Shikimate kinase

B: Shikimate kinase

C: Shikimate kinase

ヘテロ分子

70.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Shikimate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Shikimate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Shikimate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.253, 46.460, 105.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Shikimate kinase / SK 分子量: 23273.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: aroK, BT_3393 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8A2B2, shikimate kinase

-
非ポリマー , 5種, 461分子

#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 7.5 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, Tris-HCl pH 8.3, Screen: Classics II (C9), 1.1M Sodium malonate, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5% (v/v) Jeffamine ED-2001, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 64576 / Num. obs: 64576 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 3002 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PT5

2pt5

解像度: 1.7→29.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.111 / SU ML: 0.062
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19923	3268	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16348	-	-	-
all	0.16527	61285	-	-
obs	0.16527	61285	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	0.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4295	0	42	453	4790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.96	6186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3.001	7755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.125	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.432	23.77	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.833	15	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.745	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.014	1.5	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.349	1.5	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.819	2	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.174	3	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.001	4.5	1839

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	204	-
R_work	0.253	4225	-
obs	-	4225	93.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2723	-0.1355	0.6781	2.1735	0.8366	3.5145	0.0342	0.0542	-0.1637	-0.2339	-0.0052	-0.1024	0.153	0.4556	-0.029	0.1676	0.0305	-0.0082	0.0683	0.0034	0.0341	14.4224	-10.7946	6.1602
2	1.9261	0.2185	-0.022	1.7407	1.371	8.4428	0.2706	-0.0455	-0.3188	-0.1249	-0.1916	-0.15	0.4642	0.4338	-0.079	0.1834	0.0652	-0.049	0.1196	-0.0223	0.1897	18.1286	-16.8358	11.9485
3	5.8015	-0.3188	-0.2243	11.3545	2.8644	1.0241	0.2205	-0.3089	-0.1166	0.8905	-0.4586	0.4322	0.3334	-0.3804	0.2381	0.2899	-0.1929	0.0073	0.3237	-0.0537	0.1498	6.2485	-16.9119	26.4309
4	0.9673	0.1019	0.6712	1.5291	1.2615	4.6449	0.089	-0.0018	0.0572	-0.1856	-0.1196	-0.0584	-0.1117	0.1638	0.0306	0.0768	-0.0101	-0.0212	0.0878	-0.012	0.0678	14.6844	-5.4112	17.2002
5	1.7635	0.314	0.2857	1.6906	0.3956	1.6342	-0.084	0.0609	0.0542	-0.1745	-0.0056	0.1622	0.0572	-0.0351	0.0896	0.2058	0.0059	-0.0558	0.0322	-0.0045	0.0774	2.7477	-10.304	1.8283
6	1.25	0.6402	0.0445	0.7439	-0.0153	1.7353	-0.028	-0.006	0.0201	0.0453	0.0329	-0.0649	0.0793	0.083	-0.0049	0.0138	0.0084	-0.0091	0.0162	-0.0091	0.037	26.5334	3.8998	40.9538
7	4.1449	-0.615	-1.9218	3.4216	0.891	3.1828	-0.1122	0.1543	-0.1538	0.285	-0.024	0.4508	0.1478	-0.3429	0.1362	0.0632	-0.035	0.0129	0.0905	0.0172	0.0786	11.5712	1.473	38.7787
8	1.9861	1.8773	3.7596	4.7286	-2.7678	21.4217	0.7768	-0.5794	0.0623	1.7672	-1.3191	-0.3558	-0.9575	1.3947	0.5423	0.9305	-0.1972	-0.187	0.9803	-0.1953	0.6491	10.1407	11.2944	50.6594
9	1.7361	-0.7731	-0.7328	2.9041	0.6032	2.3797	0.023	0.0538	0.1042	-0.0163	-0.001	0.174	-0.094	-0.2443	-0.022	0.0267	-0.0229	-0.0228	0.1203	0	0.0821	10.9945	5.9014	34.5019
10	7.1157	0.6192	-4.2087	11.091	-2.8171	10.1069	0.1646	-0.1145	-0.2913	0.091	0.0243	0.2618	0.8434	-0.4354	-0.1889	0.2505	-0.1285	-0.0551	0.0672	0.028	0.0517	12.7482	-14.0309	39.9111
11	3.9353	-1.2759	0.3322	2.4021	0.2347	3.3055	-0.1259	-0.1188	-0.0098	0.0843	0.1456	-0.1502	-0.0167	0.2803	-0.0197	0.0331	-0.0383	0.0172	0.1299	-0.0011	0.0722	50.2224	14.8757	39.3177
12	1.6383	0.3836	0.1621	1.5694	-0.4493	0.9518	-0.1447	0.1994	-0.2391	-0.2361	0.0811	-0.1393	0.0802	0.0317	0.0635	0.0452	-0.0381	0.0384	0.1198	-0.0619	0.0643	56.3264	11.1541	25.9889
13	3.612	-0.3697	0.4633	6.7892	0.0118	3.3592	-0.1107	0.3203	0.438	-0.2237	0.0097	-0.1001	-0.6471	0.1548	0.101	0.1575	-0.0774	-0.0056	0.1313	0.0479	0.1171	43.1141	22.5261	31.3486
14	2.995	0.9391	-0.0072	2.3866	0.4183	3.6152	-0.1645	0.519	0.4368	-0.4178	0.1497	0.1678	-0.6559	-0.0376	0.0148	0.1777	-0.0401	-0.0206	0.1647	0.0848	0.1156	40.86	22.4885	26.0143
15	4.4959	2.1586	0.4317	5.8273	0.9219	3.4951	0.1279	-0.2551	0.2098	0.1434	-0.0319	-0.0272	-0.2543	0.1068	-0.0959	0.0337	-0.0348	0.0196	0.0886	-0.0452	0.0271	43.6599	20.4545	47.3069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	99 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	93 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	114 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	127 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	157 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	0 - 27
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	28 - 92
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	93 - 121
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	122 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	157 - 175

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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