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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3va0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase T in complex with a di-nucleotide product (GG) with one Mg in the active site | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / DEDD nucleases family / exo-nuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response ...rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes 著者: Hsiao, Y.-Y. / Duh, Y. / Chen, Y.P. / Wang, Y.T. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25719.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 613.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2M Magnesiumformate dihydrate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 18%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ester 5000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 24276 / Num. obs: 24276 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 10.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 2143 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 95.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NGY 解像度: 2.201→28.389 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8275 / SU ML: 0.63 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.598 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.06 Å2 / Biso mean: 21.0732 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.201→28.389 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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