PDB-3v8i: Crystal Structure of a Drosophila melanogaster Dopamine N-Acetylt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v8i

タイトル

Crystal Structure of a Drosophila melanogaster Dopamine N-Acetyltransferase

要素

Dopamine N acetyltransferase, isoform A

キーワード

TRANSFERASE / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin-based cuticle sclerotization / serotonin catabolic process / octopamine catabolic process / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / catecholamine metabolic process / N-acetyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Cheng, K.-C. / Lyu, P.-C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Drosophila melanogaster Dopamine N-Acetyltransferase
著者: Cheng, K.-C. / Lyu, P.-C.

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v8i.cif.gz	196.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v8i.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v8i_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v8i_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	3v8i_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	3v8i_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3te4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kdr-2 1oej-d 2zzj-d 3pee-2 1q31-2 6t9z-d 4o53-d 2p1g-1 3pee-1 1kdt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (5) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Dopamine N acetyltransferase, isoform A

B: Dopamine N acetyltransferase, isoform A

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dopamine N acetyltransferase, isoform A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dopamine N acetyltransferase, isoform A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.838, 52.511, 67.594
Angle α, β, γ (deg.)	74.05, 90.05, 73.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Dopamine N acetyltransferase, isoform A / GH12636p 分子量: 24030.592 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-230 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3318, DAT, Dmel_CG3318 / プラスミド: pGEX-6p-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8MKK2, UniProt: Q94521*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, arylamine N-acetyltransferase, aralkylamine N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 % / Mosaicity: 1.012 °
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.0M NaH2PO4/1.6M K2HPO4, 0.1M HEPES, 0.2M NaCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 44004 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	4.2	0.316	4351	1.093	1	94.6
1.86-1.94	4.2	0.23	4375	1.094	1	94.7
1.94-2.03	4.2	0.169	4359	1.092	1	94.7
2.03-2.13	4.1	0.121	4401	1.063	1	94.8
2.13-2.27	4.1	0.101	4432	1.023	1	95.9
2.27-2.44	4.1	0.082	4438	1.075	1	95.7
2.44-2.69	4.1	0.073	4431	1.059	1	95.7
2.69-3.08	4.1	0.057	4437	1.045	1	95.9
3.08-3.88	3.8	0.044	4290	1.024	1	93.1
3.88-30	3.8	0.039	4490	1.038	1	96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 53.58 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	26.35 Å
Translation	2.5 Å	26.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
PHENIX	1.6.1_357	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TE4

3te4

解像度: 1.802→26.352 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	4273	10.03 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.184	42622	91.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.375 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.52 Å² / B_iso mean: 24.7988 Å² / B_iso min: 5.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7151 Å²	-0.2638 Å²	0.0538 Å²
2-	-	7.3136 Å²	-0.5137 Å²
3-	-	-	-1.5985 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→26.352 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	30	652	4056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	0.997

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.89 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.2642	406
R_work	0.1976	-
obs	-	3447

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4394	-0.1987	0.4541	1.1486	0.1046	0.594	0.0381	-0.2239	0.0001	0.3501	0.0308	-0.0903	0.0165	-0.0979	-0.073	0.159	-0.0101	-0.0047	0.1392	-0.0049	0.1074	24.7245	-12.1576	-23.689
2	0.5009	0.2726	-0.1774	0.2224	-0.1602	0.1141	0.0076	-0.2884	-0.3761	0.0682	-0.0492	-0.0646	0.0102	0.0918	0.0502	0.1415	-0.0099	-0.0172	0.1341	0.0603	0.1836	16.561	-24.7083	-25.986
3	0.6559	-0.118	-0.1972	0.7327	0.9433	1.1973	0.0461	-0.0189	0.0925	-0.1701	0.0832	-0.172	-0.2485	0.008	-0.0777	0.0783	0.0171	-0.0072	0.0823	-0.0134	0.079	24.4857	-9.5826	-31.9852
4	0.8902	-0.0848	0.1933	0.9869	0.3559	0.2204	0.0284	0.312	-0.1008	-0.4267	-0.1367	-0.068	0.2229	0.1694	0.1093	0.2158	0.0483	0.0261	0.1461	0.0181	0.1148	14.3156	-28.0957	-39.3042
5	0.823	0.0716	0.0469	0.5178	0.1685	0.1085	-0.0518	0.1244	0.0243	-0.0613	0.0627	0.0168	0.0642	0.0337	-0.0214	0.0696	-0.0047	0.0114	0.095	0.0036	0.0371	16.1382	-7.3477	-37.2989
6	0.398	-0.2384	-0.0945	0.313	0.0662	0.1771	-0.0029	0.0728	0.0665	-0.0561	-0.025	0.1061	0.0249	-0.0916	0.0011	0.0901	-0.0045	-0.0024	0.078	-0.0094	0.0763	3.5206	-15.676	-33.2497
7	0.3066	-0.1256	-0.2112	0.6116	-0.1401	0.7833	0.1312	-0.0032	0.003	0.1467	0.0092	0.1204	-0.172	-0.2393	-0.1253	0.1279	0.0144	0.0231	0.0977	0.0077	0.0671	-7.2317	-8.5524	-60.0156
8	0.593	-0.1843	-0.0725	0.1813	-0.1239	0.2812	-0.0729	-0.1366	0.1849	0.0869	0.0991	-0.1378	-0.0493	0.008	-0.016	0.2071	-0.0018	0.0165	0.1595	-0.037	0.1879	0.8301	0.7043	-68.9976
9	0.5116	0.1382	0.1273	0.255	0.152	0.8719	0.0301	-0.1493	-0.017	0.018	0.0766	-0.0481	0.0797	-0.1735	-0.0682	0.0701	0.0237	-0.0013	0.1167	0.0095	0.0606	-6.981	-15.2658	-65.5616
10	0.8052	-0.0761	-0.1615	0.753	-0.7852	0.934	0.0328	0.1862	0.1522	-0.3846	-0.0392	-0.1122	0.1798	-0.0867	0.005	0.188	0.0086	-0.0135	0.1134	-0.0075	0.1154	3.0214	-3.9839	-81.7936
11	0.6644	0.0891	-0.0133	0.238	-0.1298	0.9044	-0.0211	0.0348	-0.0838	-0.0223	-0.0199	-0.0214	-0.0212	-0.1013	0.0304	0.0655	0.0008	-0.0026	0.0754	-0.0078	0.0654	4.1569	-19.0802	-68.0487
12	0.4916	-0.2752	-0.1901	0.1838	0.1185	0.4814	0.0548	0.0177	-0.0154	0.0062	-0.0901	-0.1299	-0.0847	0.0423	0.0251	0.1193	-0.0224	0.0021	0.1011	0.0248	0.0937	15.0973	-6.7988	-72.8515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 21:46)	A	21 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 47:67)	A	47 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 68:96)	A	68 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 97:125)	A	97 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 126:182)	A	126 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 183:230)	A	183 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 21:46)	B	21 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 47:67)	B	47 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 68:96)	B	68 - 96
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 97:125)	B	97 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 126:201)	B	126 - 201
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 202:230)	B	202 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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