PDB-3v8g: Crystal structure of an asymmetric trimer of a glutamate transpor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v8g

タイトル

Crystal structure of an asymmetric trimer of a glutamate transporter homologue (GltPh)

要素

sodium-coupled L-aspartate transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / sodium ions / L-arpartate / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aspartate transmembrane transport / amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.66 Å

データ登録者

Verdon, G. / Boudker, O.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of an asymmetric trimer of a bacterial glutamate transporter homolog.
著者: Verdon, G. / Boudker, O.

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v8g.cif.gz	935.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v8g.ent.gz	796.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v8g_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v8g_full_validation.pdf.gz	527.6 KB	表示
XML形式データ	3v8g_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	3v8g_validation.cif.gz	76.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v8fC 1xfh 2nwl 2nww 2nwx 3kbc C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xwn-d 6x15-d 5l2a-d 6xwo-d 1gtm-d 5j1v-d 4pb2-1 6xwp-d 6khd-d 3mv4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7)

登録構造単位

A: sodium-coupled L-aspartate transporter

B: sodium-coupled L-aspartate transporter

C: sodium-coupled L-aspartate transporter

D: sodium-coupled L-aspartate transporter

E: sodium-coupled L-aspartate transporter

F: sodium-coupled L-aspartate transporter

ヘテロ分子

269 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: sodium-coupled L-aspartate transporter

B: sodium-coupled L-aspartate transporter

C: sodium-coupled L-aspartate transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: sodium-coupled L-aspartate transporter

E: sodium-coupled L-aspartate transporter

F: sodium-coupled L-aspartate transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.692, 119.627, 223.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	B
4	1	E
1	2	C
2	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	6 - 419
2	1	1	1	D	6 - 419
3	1	1	1	B	6 - 419
4	1	1	1	E	6 - 419
1	1	2	1	C	6 - 419
2	1	2	1	F	6 - 419

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	sodium-coupled L-aspartate transporter / hypothetical proton glutamate symport protein 分子量: 44645.957 Da / 分子数: 6 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, V198C, K223H, K264H, C321A, A380C, E368H 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: O59010, PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20 - 25% PEG 350 MME, 0.1 M MES, pH 6.5, 250-450 mM CaCl2, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 4.65→89 Å / Num. all: 51604 / Num. obs: 37155 / % possible obs: 72 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.66→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 363.659 / SU ML: 1.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29374	997	5.3 %	RANDOM
R_work	0.25526	-	-	-
obs	0.25731	17755	73.12 %	-
all	-	24282	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 283.463 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.04 Å²	0 Å²	3.65 Å²
2-	-	-2.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.66→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17972	0	66	0	18038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	18367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.135	1.985	25036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.866	5	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.294	23.691	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.762	15	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.059	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.263	1.5	11995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.545	2	19351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.88	3	6372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.747	4.5	5685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3003	tight positional	0.01	0.05
1	1	D	3003	tight positional	0.01	0.05
1	1	B	3003	tight positional	0.01	0.05
1	1	E	3003	tight positional	0.01	0.05
2	2	C	2926	tight positional	0.02	0.05
2	2	F	2926	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	3003	tight thermal	0.01	0.5
1	1	D	3003	tight thermal	0.01	0.5
1	1	B	3003	tight thermal	0.01	0.5
1	1	E	3003	tight thermal	0.01	0.5
2	2	C	2926	tight thermal	0.02	0.5
2	2	F	2926	tight thermal	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 4.664→4.773 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.455	14	-
R_work	0.363	187	-
obs	-	-	11.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7716	-4.1843	2.8685	14.7718	-4.6949	7.9552	0.014	-1.2844	2.4039	0.585	-0.6303	1.0354	-1.017	-0.7325	0.6162	1.1463	0.0564	0.4014	2.1695	-0.7101	1.3056	32.2507	25.5562	78.8763
2	6.5499	2.8065	-2.2665	9.8113	-0.0032	13.9421	-0.166	-0.6187	0.3178	0.949	-0.8045	1.5178	-0.452	-1.6597	0.9705	0.9704	0.7003	0.2109	2.7342	0.0746	2.0284	16.8694	22.6088	85.1574
3	20.4462	-3.5286	-7.2605	6.458	1.6435	9.6728	-0.9417	1.2946	1.53	0.6749	0.5731	-1.2363	0.0944	0.358	0.3687	1.6825	-0.6168	-0.7096	0.6567	0.472	0.8488	62.1737	24.343	73.2866
4	8.0666	-6.0313	0.7419	11.0844	5.3755	13.452	-0.7413	-0.2524	2.4275	0.2734	0.2505	-0.6376	-0.7025	1.8054	0.4908	2.103	-0.6331	0.0463	1.1412	0.327	1.772	67.5656	40.7917	72.2758
5	19.0001	2.3063	2.8914	4.6111	-0.1898	6.4522	-0.0631	0.2846	-0.6509	-1.5959	-0.0383	-1.6331	0.9503	0.8674	0.1014	2.5406	0.6957	0.6238	0.5881	-0.0419	1.0403	75.8306	-16.7424	22.359
6	10.4273	1.8872	-0.8916	9.092	-0.6485	9.2382	-0.2212	0.9505	-0.5324	-0.9769	-0.1806	-0.317	1.3159	0.8334	0.4017	2.2185	0.7646	0.0467	1.2959	-0.0527	1.701	79.5678	-33.1534	21.5821
7	10.6685	-7.2304	-2.9272	15.4641	4.417	7.6615	-0.3248	1.3529	1.3316	-0.0884	0.1139	-0.5115	0.2161	-0.449	0.2109	1.3203	-0.7668	-0.0653	1.4224	0.8237	0.7258	61.472	9.7916	20.6301
8	13.6847	-2.2905	-1.2317	6.9751	1.6983	13.3251	-0.1789	1.4119	0.4097	-0.9445	-1.3788	-0.9204	-0.5398	0.6974	1.5576	1.6665	-0.2408	0.1234	1.0191	0.5219	1.2673	73.1488	20.9265	14.0683
9	12.3928	7.3882	1.4588	14.9052	0.1967	8.8324	-0.4868	-0.5688	-0.3609	1.1212	0.6979	0.6375	1.6484	-0.44	-0.2111	1.5346	1.0161	0.1742	1.3687	0.3034	0.1369	47.0602	-0.8128	81.3724
10	8.2385	0.9864	3.445	7.6105	5.3293	14.8815	0.3684	0.3704	-1.4856	0.2454	-0.4678	0.2193	1.1716	0.0936	0.0994	1.7233	0.4922	-0.244	0.844	0.1544	0.481	58.1331	-13.9493	73.1313
11	9.4297	2.0865	-1.2149	16.4992	-4.9085	8.0528	0.9218	0.6027	-1.1101	0.5331	-1.0907	0.036	0.6821	-1.2212	0.169	1.1409	-0.0656	-0.469	1.698	-0.4946	0.387	45.7552	-15.7251	26.3093
12	5.446	-1.9714	0.092	3.8913	0.7419	18.3046	-1.185	-0.6171	-0.4135	-0.3694	-0.0729	1.2685	0.6694	-1.4636	1.258	0.7785	-0.2865	-0.1804	1.8698	0.2548	0.8061	31.0159	-8.3844	35.1205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	129 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	222 - 419
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	129 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	80 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	222 - 419
9	X-RAY DIFFRACTION	5	D	6 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	5	D	129 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	6	D	80 - 128
12	X-RAY DIFFRACTION	6	D	222 - 419
13	X-RAY DIFFRACTION	7	E	6 - 79
14	X-RAY DIFFRACTION	7	E	129 - 221
15	X-RAY DIFFRACTION	8	E	80 - 128
16	X-RAY DIFFRACTION	8	E	222 - 419
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 79
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	129 - 221
19	X-RAY DIFFRACTION	10	C	80 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	10	C	222 - 419
21	X-RAY DIFFRACTION	11	F	6 - 79
22	X-RAY DIFFRACTION	11	F	129 - 221
23	X-RAY DIFFRACTION	12	F	80 - 128
24	X-RAY DIFFRACTION	12	F	222 - 419

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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