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- PDB-3v8d: Crystal structure of human CYP7A1 in complex with 7-ketocholesterol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8d
タイトルCrystal structure of human CYP7A1 in complex with 7-ketocholesterol
要素Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24S-hydroxycholesterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol ...cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24S-hydroxycholesterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol / cholesterol catabolic process / bile acid and bile salt transport / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cholesterol homeostasis / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / PPARA activates gene expression / response to ethanol / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily ...Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / : / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3beta,8alpha,9beta)-3-hydroxycholest-5-en-7-one / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 7A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Strushkevich, N. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Usanov, S.A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human CYP7A1 in complex with 7-ketocholesterol
著者: Strushkevich, N. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Usanov, S.A. / Park, H.
履歴
登録2011年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
B: Cholesterol 7-alpha-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,57426
ポリマ－112,9642
非ポリマー2,61124
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area36670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.618, 74.220, 87.933
Angle α, β, γ (deg.)66.330, 75.530, 69.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / CYPVII / Cholesterol 7-alpha-hydroxylase / Cytochrome P450 7A1


分子量: 56481.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-503 / 変異: T104L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP7A1, CYP7 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P22680, EC: 1.14.13.17

-
非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-0GV / (3beta,8alpha,9beta)-3-hydroxycholest-5-en-7-one / 7-ketocholesterol / 7-ケトコレステロ-ル


分子量: 400.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 291 K / pH: 5.6
詳細: 30% PEG-400, 0.2M lithium sulfate, 0.1M trisodium citrate, pH 5.6, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 92430 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.35 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.70.84890891.046196.4
1.97-2.053.70.62691881.057196.7
2.05-2.143.70.41191961.112196.9
2.14-2.253.70.28691701.145197
2.25-2.393.80.21192141.2197.4
2.39-2.583.90.16292371.264197.7
2.58-2.843.90.1193241.341198.1
2.84-3.253.90.07293281.629198.4
3.25-4.093.90.04192921.734198.4
4.09-503.90.03593921.86199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3DAX

3dax


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.55 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Geometry restraints for 7-ketocholesterol wer prepared by the PRODRG server. Heme geometry restraints were ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Geometry restraints for 7-ketocholesterol wer prepared by the PRODRG server. Heme geometry restraints were modified from the CCP4 default using data from the Cambridge Structural Database, using the Mogul query tool. PHENIX, COOT and the MOLPROBITY server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2066 2.241 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1852 ---
obs0.186 92179 97.601 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 89.28 Å2 / Biso mean: 26.151 Å2 / Biso min: 15.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.613 Å2-0.549 Å2-0.243 Å2
2--0.26 Å20.72 Å2
3---0.279 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7479 0 188 354 8021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.027981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.98310886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8083.00413103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4085984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51823.585357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.886151308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4591546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021693
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94900.2876751701396.264
1.949-2.00300.2676555678496.624
2.003-2.0610.2724000.256036665096.782
2.061-2.12400.2336199639696.92
2.124-2.19300.2156014620696.906
2.193-2.270.2563660.2085446598597.109
2.27-2.35600.1975679583797.293
2.356-2.4520.2412900.25173559497.658
2.452-2.5600.1995260538397.715
2.56-2.6850.2552540.1944759511198.083
2.685-2.8300.1934785487598.154
2.83-3.0010.2152060.1864296457898.34
3.001-3.20700.1854283435398.392
3.207-3.4630.2161510.173841405198.544
3.463-3.7920.2281470.1593489369398.457
3.792-4.23600.1443319337098.487
4.236-4.8860.182850.1392840296598.651
4.886-5.970.192760.1662411250299.4
5.97-8.3830.199770.1941862194899.538
8.383-500.271140.1751068109698.723

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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