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万見
- PDB-3v70: Crystal Structure of Human GTPase IMAP family member 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v70
タイトルCrystal Structure of Human GTPase IMAP family member 1
要素GTPase IMAP family member 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunity / structural genomics consortium / gtpase / immunity-associated protein / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase IMAP family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Nedyalkova, L. / Shen, Y. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Nedyalkova, L. / Shen, Y. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Human GTPase IMAP family member 1
著者: Nedyalkova, L. / Shen, Y. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月11日ID: 3LXW
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase IMAP family member 1
B: GTPase IMAP family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3766
ポリマ－55,4412
非ポリマー9354
水79344
1
A: GTPase IMAP family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1883
ポリマ－27,7201
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTPase IMAP family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1883
ポリマ－27,7201
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.348, 81.348, 178.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 GTPase IMAP family member 1 / Immunity-associated protein 1 / hIMAP1


分子量: 27720.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP1, IMAP1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8WWP7
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% w/v PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES. GDP and 1:100 dispase were also added., pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21552 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.846 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.241.90.4228510.866175.6
2.24-2.282.10.4179281.088185
2.28-2.322.40.37910200.907190.6
2.32-2.372.80.37110710.907196
2.37-2.423.10.35310750.941198.1
2.42-2.483.50.32610870.955199.4
2.48-2.543.90.29811451.017199.9
2.54-2.614.30.28311130.9871100
2.61-2.694.50.25410981.0021100
2.69-2.774.60.22210901.031100
2.77-2.874.80.18111181.2211100
2.87-2.994.80.1511031.3251100
2.99-3.124.90.12811201.5021100
3.12-3.294.90.10710961.8251100
3.29-3.494.80.0911272.1651100
3.49-3.764.80.08510852.8651100
3.76-4.144.70.07911053.2221100
4.14-4.744.80.06711323.2491100
4.74-5.974.80.06510982.6631100
5.97-504.60.06510903.692197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model of GIMAP4. Related to PDB entry 3LXX.

3lxx


解像度: 2.206→29.822 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.927 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Programs PHENIX, ARP/WARP and COOT were also used during refinement, as was the MOLPROBITY server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1045 4.851 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2125 ---
obs0.214 21544 96.818 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 86.22 Å2 / Biso mean: 32.343 Å2 / Biso min: 18.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.206→29.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 0 58 44 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9694501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02335215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3835433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8722.555137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12915494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1651534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02711
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.206-2.26300.321239165374.955
2.263-2.3250.354720.311352159589.279
2.325-2.3920.301870.2751413156395.969
2.392-2.4650.288820.2711411151098.874
2.465-2.5450.316980.2571339144199.722
2.545-2.6340.324780.2313361414100
2.634-2.7330.235820.2312711353100
2.733-2.8430.24490.22112701319100
2.843-2.9680.217440.22111881232100
2.968-3.1120.257490.24211801229100
3.112-3.2780.271600.22511041164100
3.278-3.4740.266600.23210181078100
3.474-3.7110.224760.2089391015100
3.711-4.0030.22180.18935953100
4.003-4.3770.183220.166851873100
4.377-4.880.201610.151724785100
4.88-5.610.227540.175657711100
5.61-6.8110.215170.224579596100
6.811-9.3910.26230.17944647199.575
9.391-29.8220.18130.17424728192.527
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04040.0989-0.86412.6494-0.24532.51590.09810.04260.02080.1603-0.0761-0.19740.0183-0.0646-0.02210.0926-0.0338-0.02320.04150.03590.040315.645117.7059120.5044
22.36150.07330.16774.5093-0.7743.22220.0817-0.08260.1912-0.0025-0.12490.0089-0.44120.12220.04320.1461-0.0365-0.0260.1047-0.02050.031118.071529.898990.9176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 251
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1A1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1A254 - 273
5X-RAY DIFFRACTION2B27 - 251
6X-RAY DIFFRACTION2B401 - 402
7X-RAY DIFFRACTION2B4 - 6
8X-RAY DIFFRACTION2B254 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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