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万見
- PDB-3v6r: Discovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6r
タイトルDiscovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK
要素Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE FOLD / APOPTOSIS / MAP KINASE / CYS modification / Phosphorylation / JNK / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CQQ / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Park, H. / LoGrasso, P.V. / Laughlin, J.D.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Discovery of potent and selective covalent inhibitors of JNK.
著者: Zhang, T. / Inesta-Vaquera, F. / Niepel, M. / Zhang, J. / Ficarro, S.B. / Machleidt, T. / Xie, T. / Marto, J.A. / Kim, N. / Sim, T. / Laughlin, J.D. / Park, H. / LoGrasso, P.V. / Patricelli, ...著者: Zhang, T. / Inesta-Vaquera, F. / Niepel, M. / Zhang, J. / Ficarro, S.B. / Machleidt, T. / Xie, T. / Marto, J.A. / Kim, N. / Sim, T. / Laughlin, J.D. / Park, H. / LoGrasso, P.V. / Patricelli, M. / Nomanbhoy, T.K. / Sorger, P.K. / Alessi, D.R. / Gray, N.S.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
B: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1114
ポリマ－84,1192
非ポリマー9912
水4,594255
1
A: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5552
ポリマ－42,0601
非ポリマー4961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5552
ポリマ－42,0601
非ポリマー4961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.297, 157.259, 44.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / ...MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3


分子量: 42059.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CQQ / 4-{[4-(dimethylamino)butanoyl]amino}-N-(3-{[4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)benzamide


分子量: 495.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N7O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE ATOMS C33 OF LIGAND CQQ IS COVALENTLY LINKED TO SG ATOM GROUP OF C154. THE STARTING MATERIAL OF ...THE ATOMS C33 OF LIGAND CQQ IS COVALENTLY LINKED TO SG ATOM GROUP OF C154. THE STARTING MATERIAL OF LIGAND CQQ HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C33 AND C32 ATOM GROUPS (E)-4-(4-(DIMETHYLAMINO)BUT-2-ENAMIDO)-N-(3-((4-(PYRIDIN-3-YL)PYRIMIDIN-2- YL)AMI NO)PHENYL)BENZAMIDE) AND UNDERGOES TO NUCLEOPHILIC ATTACK WITH RESIDUES C154.
配列の詳細THE SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM 3 OF MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 10 UNP ENTRY P53779-3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM TCEP, 0.4 mM Zwittergent 3-14), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→157.26 Å / Num. all: 175940 / Num. obs: 24395 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 53.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9086 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8629 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 1238 5.09 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2096 24315 --
all-24395 --
原子変位パラメータBiso mean: 48.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0744 Å20 Å20 Å2
2--3.6752 Å20 Å2
3---7.3993 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.341 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 74 255 5873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015741HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.087789HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes143HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes816HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5655HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion742SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6735SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 125 4.46 %
Rwork0.2204 2675 -
all0.2234 2800 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.77451.71920.79913.5294-0.40127.9183-0.06940.18030.12090.0525-0.03760.1054-0.1179-0.01680.1070.01460.0216-0.025-0.13170.0312-0.21113.0765-12.7556-36.0955
22.4042-0.5117-0.87372.0175-0.00650-0.00330.05490.0255-0.02960.0155-0.05160.07150.0658-0.01220.06410.0545-0.0233-0.0330.0361-0.00157.1858-27.4747-23.164
32.2310.2581.31220.79650.61221.6253-0.16150.1525-0.0695-0.04990.10280.2003-0.0928-0.11420.05870.03450.0067-0.0285-0.0595-0.0007-0.084919.9924-15.5506-20.1921
40-0.06622.24752.46841.651.67390.0188-0.0681-0.12930.04040.033-0.04730.1729-0.0286-0.05180.04020.0162-0.0021-0.02940.0613-0.093418.5199-22.2973-15.1331
52.69270.29990.13921.46960.3770.50190.0721-0.1713-0.4228-0.0283-0.03830.04710.0894-0.0544-0.03380.012-0.0159-0.0396-0.09360.0456-0.111133.1909-27.5072-7.6944
61.1571-0.5689-2.716300.14721.55510.0169-0.09730.1280.0749-0.0643-0.01260.0659-0.08840.04730.06030.04320.0533-0.01980.1013-0.0713-0.6549-23.1766-19.5949
74.6683-0.15021.18613.64642.47543.609-0.0131-0.07940.02380.13520.0468-0.17580.10980.1861-0.0337-0.2682-0.04670.1478-0.1384-0.07140.259635.9659-59.3725-26.0036
80.361-2.484-2.71860.1623-1.071.4098-0.00980.04040.08940.0217-0.01470.011-0.0048-0.00620.02450.17290.00070.1036-0.1169-0.0357-0.024921.358-71.2779-31.3461
90.9897-1.3726-0.2223.93211.39711.808-0.01290.09550.1002-0.5016-0.0065-0.5350.09160.09830.0193-0.0208-0.07910.1023-0.15360.0376-0.043118.7668-55.4969-25.1262
106.0364-0.1439-2.0010.1344-1.683400.02770.03190.0215-0.0101-0.0087-0.05350.06110.0272-0.0190.0786-0.0625-0.0442-0.18650.0813-0.001514.3877-57.6285-21.7519
111.18670.5395-0.44654.8866-1.86451.9022-0.10430.0333-0.0828-0.08610.01640.04250.0808-0.11610.0879-0.0782-0.01610.004-0.1016-0.0179-0.10610.2844-58.1127-13.0101
1200.28430.72831.81451.98610.03940.01810.03690.085-0.1123-0.00630.0648-0.1107-0.1152-0.01190.30060.14910.1304-0.20940.1046-0.137320.3343-71.5492-40.7215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|45 - 96}A45 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2{A|97 - 111}A97 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3{A|112 - 199}A112 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4{A|200 - 219}A200 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5{A|220 - 375}A220 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6{A|379 - 401}A379 - 401
7X-RAY DIFFRACTION7{B|45 - 92}B45 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8{B|93 - 111}B93 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9{B|112 - 187}B112 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10{B|188 - 213}B188 - 213
11X-RAY DIFFRACTION11{B|214 - 380}B214 - 380
12X-RAY DIFFRACTION12{B|381 - 401}B381 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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