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万見
- PDB-3v68: Crystal structure of Pyrococcus furiosus PF2050, a member of DUF2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v68
タイトルCrystal structure of Pyrococcus furiosus PF2050, a member of DUF2666 family protein
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DUF2666 / double stranded DNA
機能・相同性Domain of unknown function DUF2666 / Domain of unknown function (DUF2666) / DUF2666 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Han, B.G. / Lee, B.I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Pyrococcus furiosus PF2050, a member of the DUF2666 protein family
著者: Han, B.G. / Jeong, K.C. / Cho, J.W. / Jeong, B.C. / Song, H.K. / Lee, J.Y. / Shin, D.H. / Lee, S. / Lee, B.I.
履歴
登録2011年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0642
ポリマ－28,9461
非ポリマー1181
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.722, 66.531, 46.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / PF2050 protein


分子量: 28945.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZE5
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02M calcium chloride dehydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.0000, 0.97910, 0.97924, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
30.979241
40.961
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. all: 34223 / Num. obs: 32515 / % possible obs: 94.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.56→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 1.458 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22493 1686 4.9 %RANDOM
Rwork0.19771 ---
obs0.19909 32515 94.73 %-
all-34223 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20.05 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 8 245 2262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9591.9972783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6365253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64225.05591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11715435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9361512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5071.51250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99922032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5013823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6414.5751
LS精密化 シェル解像度: 1.557→1.597 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 99 -
Rwork0.233 1945 -
obs--76.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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