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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v68 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pyrococcus furiosus PF2050, a member of DUF2666 family protein | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DUF2666 / double stranded DNA | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF2666 / Domain of unknown function (DUF2666) / DUF2666 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Han, B.G. / Lee, B.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of Pyrococcus furiosus PF2050, a member of the DUF2666 protein family 著者: Han, B.G. / Jeong, K.C. / Cho, J.W. / Jeong, B.C. / Song, H.K. / Lee, J.Y. / Shin, D.H. / Lee, S. / Lee, B.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v68.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v68.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3v68_validation.pdf.gz | 428.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3v68_full_validation.pdf.gz | 430 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3v68_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3v68_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28945.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZE5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02M calcium chloride dehydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.0000, 0.97910, 0.97924, 0.9600 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.56→50 Å / Num. all: 34223 / Num. obs: 32515 / % possible obs: 94.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.56→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 1.458 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→46.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.557→1.597 Å / Total num. of bins used: 20
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