PDB-3v5r: Crystal structure of the unliganded form of Gal3p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v5r

タイトル

Crystal structure of the unliganded form of Gal3p

要素

Protein GAL3

キーワード

TRANSCRIPTION / GHMP superfamily / Transcription transducer / Gal80p

機能・相同性

機能・相同性情報

galactokinase activity / maintenance of protein location / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription regulator complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Lavy, T. / Kumar, P.R. / He, H. / Joshua-Tor, L.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: The Gal3p transducer of the GAL regulon interacts with the Gal80p repressor in its ligand-induced closed conformation.
著者: Lavy, T. / Kumar, P.R. / He, H. / Joshua-Tor, L.

履歴

登録	2011年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v5r.cif.gz	425.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v5r.ent.gz	348.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v2uC 2aj4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ccv-8 1h38-3 5ccv-2 5znh-1 2bht-d 2h5e-d 1q0o-1 2yh2-d 6ddc-d 2d00-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein GAL3

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Protein GAL3

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

A: Protein GAL3

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Protein GAL3

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

A: Protein GAL3

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Protein GAL3

ヘテロ分子

A: Protein GAL3

ヘテロ分子

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

B: Protein GAL3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.359, 153.359, 118.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-527- SO4
2	1	A-624- HOH

#1: タンパク質	Protein GAL3 分子量: 56514.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GAL3, YDR009W, YD8119.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: P13045
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 10 mM MgCl2, 50 mM MES, 1.85M Li2SO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.099→132.453 Å / Num. all: 94018 / Num. obs: 93763 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.0988-2.1277	1	97
2.1227-2.1477	1	100
2.1477-2.1739	1	100
2.1739-2.2014	1	100
2.2014-2.2303	1	100
2.2303-2.2609	1	100
2.2609-2.2932	1	100
2.2932-2.3274	1	100
2.3274-2.3638	1	100
2.3638-2.4025	1	100
2.4025-2.444	1	100
2.444-2.4884	1	100
2.4884-2.5363	1	100
2.5363-2.588	1	100
2.588-2.6443	1	100
2.6443-2.7058	1	100
2.7058-2.7735	1	100
2.7735-2.8484	1	100
2.8484-2.9322	1	100
2.9322-3.0269	1	100
3.0269-3.135	1	100
3.135-3.2605	1	100
3.2605-3.4089	1	100
3.4089-3.5885	1	100
3.5885-3.8133	1	100
3.8133-4.1075	1	100
4.1075-4.5206	1	100
4.5206-5.174	1	100
5.174-6.5159	1	100
6.5159-46.9186	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: S. cerevisiae Gal1p (pdb code: 2AJ4)

2aj4

解像度: 2.099→46.907 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2016	4708	5.02 %	Throughout
R_work	0.1697	-	-	-
obs	0.1713	93747	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.002 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.8009 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	17.8009 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.5636 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→46.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7827	0	135	778	8740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8257
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	11210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.242	2996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0988-2.1227	0.2791	175	0.2162	2860	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1227-2.1477	0.2215	154	0.2101	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1477-2.1739	0.2268	164	0.1938	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1739-2.2014	0.2323	155	0.1963	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2014-2.2303	0.2333	155	0.1972	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2303-2.2609	0.2547	143	0.1933	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2609-2.2932	0.2535	174	0.1984	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2932-2.3274	0.2695	151	0.196	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3274-2.3638	0.2464	158	0.1976	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3638-2.4025	0.2291	141	0.1984	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4025-2.444	0.2301	141	0.1851	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.444-2.4884	0.2547	166	0.1842	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4884-2.5363	0.2238	145	0.1908	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5363-2.588	0.2389	156	0.1915	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.588-2.6443	0.2449	144	0.1904	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6443-2.7058	0.2496	153	0.1974	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7058-2.7735	0.2861	166	0.2046	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7735-2.8484	0.2465	142	0.199	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8484-2.9322	0.2416	157	0.2035	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9322-3.0269	0.2452	149	0.199	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0269-3.135	0.2223	157	0.1982	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.135-3.2605	0.2071	156	0.1903	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2605-3.4089	0.2206	169	0.1821	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4089-3.5885	0.1924	156	0.1644	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5885-3.8133	0.1654	169	0.1403	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8133-4.1075	0.1746	175	0.1323	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1075-4.5206	0.1368	148	0.1219	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5206-5.174	0.1372	129	0.1264	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
5.174-6.5159	0.1895	181	0.1655	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5159-46.9186	0.1794	179	0.1694	3133	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9073	-0.4393	0.5917	0.5269	-0.3779	0.8498	-0.0333	-0.1274	0.1671	0.0162	0.0253	0.0511	-0.1174	-0.1815	0.0643	0.0659	-0.0495	-0.0145	0.1261	-0.0146	0.0737	90.786	64.7245	39.3388
2	1.2071	0.3552	-0.1293	0.646	-0.162	0.6467	-0.0284	-0.1249	-0.0377	0.0424	-0.0513	0.016	0.0383	0.0395	-0.0249	0.034	-0.0621	0.0115	0.0656	0.0392	0.0399	106.7672	48.0151	55.9074
3	0.6096	-0.0264	0.1211	0.4364	0.1055	1.6253	0.0777	-0.0497	-0.1412	0.1804	-0.1079	0.1346	0.452	-0.1963	0.0833	0.2922	-0.2001	0.0516	0.3914	-0.0942	0.1597	101.8452	60.9346	92.9944
4	1.4601	-0.0517	-0.5591	0.787	-0.2322	1.4014	0.036	-0.1691	0.1086	0.1842	-0.0966	0.1774	-0.1025	-0.1903	-0.1164	0.1276	-0.0829	0.0386	0.3654	-0.0936	0.1327	95.8156	81.8815	74.3646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resseq 19:240) or (chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resseq 241:510)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'B' and resseq 19:240) or (chain 'B'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'B' and resseq 241:510)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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