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万見
- PDB-3v5l: Crystal Structure of Interleukin-2 Inducible T-cell Kinase Itk Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5l
タイトルCrystal Structure of Interleukin-2 Inducible T-cell Kinase Itk Catalytic Domain with Thienopyrazolylindole Inhibitor 542
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase ...NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0G1 / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者McLean, L.R. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: X-ray crystallographic structure-based design of selective thienopyrazole inhibitors for interleukin-2-inducible tyrosine kinase.
著者: McLean, L.R. / Zhang, Y. / Zaidi, N. / Bi, X. / Wang, R. / Dharanipragada, R. / Jurcak, J.G. / Gillespy, T.A. / Zhao, Z. / Musick, K.Y. / Choi, Y.M. / Barrague, M. / Peppard, J. / Smicker, M. ...著者: McLean, L.R. / Zhang, Y. / Zaidi, N. / Bi, X. / Wang, R. / Dharanipragada, R. / Jurcak, J.G. / Gillespy, T.A. / Zhao, Z. / Musick, K.Y. / Choi, Y.M. / Barrague, M. / Peppard, J. / Smicker, M. / Duguid, M. / Parkar, A. / Fordham, J. / Kominos, D.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
C: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
D: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8169
ポリマ－120,9944
非ポリマー1,8225
水7,638424
1
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6802
ポリマ－30,2491
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7763
ポリマ－30,2491
非ポリマー5282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6802
ポリマ－30,2491
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6802
ポリマ－30,2491
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子

D: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3604
ポリマ－60,4972
非ポリマー8632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
6
C: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子

B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4565
ポリマ－60,4972
非ポリマー9593
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area2670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.974, 68.912, 140.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T cell kinase / IL-2-inducible T cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T cell kinase / IL-2-inducible T cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30248.551 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 357-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-0G1 / 3-[3-(4-methoxyphenyl)-2-(1H-thieno[3,2-c]pyrazol-3-yl)-1H-indol-6-yl]pentan-3-ol


分子量: 431.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N3O2S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.8M Ammonium-sulfate, 0.1 M Na-citrate, 0.225 M Mg-acetate, 4% acetone, 10 mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 106608 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.86-1.932.50.511101270.99194.3
1.93-230.407107290.929199.8
2-2.0930.28107600.994199.8
2.09-2.2130.196107280.986199.6
2.21-2.3430.154106891.058199.2
2.34-2.5230.11106601.02198.6
2.52-2.7830.077106430.979198.2
2.78-3.183.10.05105680.974197.8
3.18-4.013.20.033107440.897198.3
4.01-503.40.028109600.933199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.9.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1sm2

1sm2


解像度: 1.86→47.58 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 5316 4.99 %RANDOM
Rwork0.2315 ---
obs0.2324 106570 98.12 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.5 Å2 / Biso mean: 28.7338 Å2 / Biso min: 9.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2476 Å20 Å25.1239 Å2
2---2.3167 Å20 Å2
3---2.0691 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.297 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7532 0 129 424 8085
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2609SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1132HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7703HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion982SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9306SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7843HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10625HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.77
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3587 344 4.9 %
Rwork0.3267 6678 -
all0.3282 7022 -
obs--98.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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