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- PDB-3v5d: HLA-A2.1 KVAELVHFL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5d
タイトルHLA-A2.1 KVAELVHFL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HIV peptide KVAELVHFL
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Peptide-binding groove / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / viral genome integration into host DNA / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / establishment of integrated proviral latency / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / endonuclease activity / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / MHC class I-like antigen recognition-like ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / MHC class I-like antigen recognition-like / Reverse transcriptase thumb domain / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Retropepsin-like catalytic domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol protein / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
human (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Collins, E.J. / Lee, H.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Prediction of conformation and immunogenicity of peptides bound to MHC molecules
著者: Collins, E.J. / Lee, H.Y.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV peptide KVAELVHFL
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV peptide KVAELVHFL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5826
ポリマ－89,5826
非ポリマー00
水7,314406
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV peptide KVAELVHFL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7913
ポリマ－44,7913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV peptide KVAELVHFL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7913
ポリマ－44,7913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.233, 90.493, 79.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA*0201, HLA-A, HLAA / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HIV peptide KVAELVHFL


分子量: 1057.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized peptide naturally found in HIV
由来: (合成) human (ヒト) / 参照: UniProt: E0YFW1*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 mM MES pH 6.5, 12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 61188 / Num. obs: 60582 / % possible obs: 0.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 0.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8621 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 3060 5.06 %RANDOM
Rwork0.2325 ---
all0.2341 60856 --
obs0.2341 60433 99.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7662 Å20 Å22.5179 Å2
2---7.6135 Å20 Å2
3---4.8473 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.329 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6318 0 0 406 6724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.058956HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2.832270SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0964HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it06592HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.7
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0807SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact07472SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 226 5.32 %
Rwork0.2242 4021 -
all0.2258 4247 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89590.28430.53730.5050.48831.75850.0606-0.03540.0767-0.0342-0.02760.10730.0003-0.1556-0.033-0.09530.00520.00490.0080.0202-0.1229-6.8811-0.08116.6584
22.59440.1784-0.78920.8591-0.54453.1206-0.00170.1830.0303-0.10110.0221-0.0603-0.10980.0034-0.0205-0.07320.02170.01610.0625-0.0279-0.143524.64994.4031-0.1315
33.92930.04660.36981.03190.17051.05420.0055-0.046-0.3525-0.03320.0759-0.09550.04250.0953-0.0815-0.0556-0.00230.0167-0.01380.0034-0.077613.9907-14.20768.2663
40.45140.9130.93301.37380.002-0.0104-0.01180.01670.06730.01930.04350.009-0.0752-0.0089-0.04740.0087-0.01920.04260.02950.0269-15.17210.592220.9081
51.8042-0.25420.0970.47110.21171.1150.05320.1315-0.18170.0055-0.02030.1019-0.0332-0.0557-0.0329-0.1089-0.00270.00890.0434-0.005-0.1217-38.4719-6.768941.4953
62.6631-0.72121.86461.2659-0.67614.3454-0.0064-0.133-0.04850.20720.0828-0.06560.0657-0.0426-0.0764-0.069-0.0060.00310.0153-0.0074-0.1292-7.0222-11.102758.142
72.41970.0071-0.09371.0547-0.0060.7914-0.0528-0.02520.32430.16390.1079-0.128-0.0163-0.0217-0.0551-0.03050.0103-0.0066-0.0112-0.0112-0.0707-17.69257.508849.9374
80.00390.0139-1.057401.3-0.00220.0062-0.0227-0.0378-0.04640.03970.10750.056-0.0134-0.0459-0.08570.0263-0.01960.09860.02020.0033-46.9223-7.317637.2404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 183}A1 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2{A|184 - 275}A184 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3{B|0 - 99}B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4{C|1 - 9}C1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5{D|1 - 183}D1 - 183
6X-RAY DIFFRACTION6{D|184 - 275}D184 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7{E|0 - 99}E0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8{F|1 - 9}F1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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