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- PDB-3v56: Re-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v56
タイトルRe-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold - reveals an additonal copy of the peptide.
要素
  • BR3 derived peptive
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
キーワードIMMUNE SYSTEM / JELLY-ROLL / BETA HAIRPIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / T cell costimulation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / RE-REFINEMENT / 解像度: 3 Å
データ登録者Smart, O.S. / Womack, T.O. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Paciorek, W. / Vonrhein, C. / Bricogne, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: BAFF/BLyS Receptor 3 Comprises a Minimal TNF Receptor-like Module That Encodes a Highly Focused Ligand-Binding Site
著者: Gordon, N.C. / Pan, B. / Hymowitz, S.G. / Yin, J.P. / F Kelley, R. / Cochran, A.G. / Yan, M. / Dixit, V.M. / Fairbrother, W.J. / Starovasnik, M.A.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0THIS ENTRY 3V56 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R1OSGTSF ...THIS ENTRY 3V56 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R1OSGTSF DETERMINED BY THE AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1OSG: N.C.GORDON,B.PAN,S.G.HYMOWITZ,J.P.YIN,R.F.KELLEY, A.G.COCHRAN,M.YAN,V.M.DIXIT,W.J.FAIRBROTHER,M.A.STAROVASNIK

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
G: BR3 derived peptive
H: BR3 derived peptive
I: BR3 derived peptive
J: BR3 derived peptive
K: BR3 derived peptive
L: BR3 derived peptive
Z: BR3 derived peptive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,83015
ポリマ－147,63813
非ポリマー1922
水32418
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
G: BR3 derived peptive
H: BR3 derived peptive
I: BR3 derived peptive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1187
ポリマ－73,0226
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
J: BR3 derived peptive
K: BR3 derived peptive
L: BR3 derived peptive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1187
ポリマ－73,0226
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
Z: BR3 derived peptive


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5941
ポリマ－1,5941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.633, 121.633, 157.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biologically relevant assembly of BAFF is a trimer. The crystallographic asymmetric unit contains two trimers. Each individual BAFF trimer binds 3 copies of BR3 peptide. An additional copy of the BR3 peptide was located in this re-refinement at a crystal contact (modeled as the Z chain). The additional BR3 peptide is not biologically relevant.

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B / B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like ...B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like molecule / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13b / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13b / soluble form


分子量: 22746.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TNFSF13B, BAFF, BLYS, TALL1, TNFSF20, ZTNF4, UNQ401/PRO738
プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y275
#2: タンパク質・ペプチド
BR3 derived peptive


分子量: 1593.918 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q96RJ3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM THE ENTRY 1OSG.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.13.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: RE-REFINEMENT
開始モデル: 1OSG with water molecules and ions removed.

1osg


解像度: 3→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber EH99
詳細: 1. X-ray weight: 14.83. 2. Void correction : ON. 3. Similarity, NCS representation : RESTRAINT LSSR, Target restraints: NONE, Target structure : NULL. 4. Molecules SO4 A 499, SO4 D 499, HOH A ...詳細: 1. X-ray weight: 14.83. 2. Void correction : ON. 3. Similarity, NCS representation : RESTRAINT LSSR, Target restraints: NONE, Target structure : NULL. 4. Molecules SO4 A 499, SO4 D 499, HOH A 500, HOH D 500 are modeled into density on NCS 3 fold axes where map interpretation is difficult, and so should be treated with caution. 5. Due to radiation damage or only partial oxidation residues CYS 232 and CYS 245 in the A, B, C, D, E and F chains form only a partial disulfide bond. The disulfide bond is modeled as the A alternate whereas the B alternate represents the reduced CYS residues.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 2536 9.64 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
all0.1654 26393 --
obs0.1654 26306 99.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.478 Å20 Å20 Å2
2--1.478 Å20 Å2
3----2.9561 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.339 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7406 0 10 18 7434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017595HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.210339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2520SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes189HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1088HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7595HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1002SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8381SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 308 10.36 %
Rwork0.209 2665 -
all0.2165 2973 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1063-0.95820.22432.3334-0.3462.2385-0.2172-0.05670.11620.50910.1543-0.1268-0.29890.03280.06290.0887-0.0088-0.0711-0.14170.0309-0.127276.98219.4174-5.3574
21.58180.17930.48592.14750.0262.1172-0.07730.31290.0002-0.15980.0009-0.10030.30980.11380.0764-0.0014-0.05210.0032-0.0482-0.0161-0.114777.22385.4476-23.8906
31.69960.14570.24552.19020.84932.1678-0.08710.36960.1928-0.2631-0.09230.0956-0.3806-0.14610.17950.0197-0.0166-0.0774-0.05750.1261-0.132370.783727.5423-26.3224
42.7909-0.3906-0.33163.0579-0.23872.42350.203-0.34570.15670.6533-0.0943-0.0814-0.4737-0.1903-0.10870.1557-0.00890.0533-0.2188-0.015-0.178377.3637-2.357623.6635
50.610.17260.15052.40530.42012.02950.2454-0.1444-0.18810.778-0.2141-0.01150.2782-0.2442-0.03120.1125-0.09350.016-0.11760.1039-0.132571.6579-24.578326.5059
61.17750.37350.36373.4437-0.78152.31170.0060.0513-0.1591-0.09730.1034-0.08370.0542-0.0743-0.10940.01450.03380.0468-0.12850.0309-0.09377.5137-16.29615.3864
75.5217-4.94046.53520.5488-2.01016.83770.0232-0.1892-0.3221-0.1856-0.0543-1.02840.07710.75280.0311-0.12960.1023-0.2133-0.06960.070.174197.202512.2883-5.2573
8-2.23610.1516-2.2226.1831-1.8686.22460.0540.51150.0132-0.6878-0.083-0.7584-0.42610.25840.0290.0323-0.24330.11860.34990.0424-0.388690.770612.789-38.9737
9-0.0076-2.46935.39879.42951.09471.5175-0.0706-0.43910.71910.48610.1169-0.5362-0.48440.4024-0.04620.1173-0.1509-0.3866-0.28260.12780.155786.599940.6107-20.1043
10-1.16760.12914.58413.0556-3.76665.7299-0.0912-0.5657-0.26990.45760.0354-0.71710.16450.50810.05580.5716-0.0403-0.34670.00680.0565-0.44291.0778-9.063739.0814
11-0.6863-0.742-5.273111.70271.14220.0521-0.18260.5319-0.2898-0.27490.1174-0.28360.53710.61770.06520.38410.0431-0.1439-0.2710.0611-0.110187.9735-37.154420.2413
121.54666.5025-0.75186.9937-4.662710.3443-0.0720.14510.2202-0.07740.215-0.7546-0.39480.7325-0.1429-0.0611-0.14730.2538-0.18640.00670.22497.2764-8.31365.5517
130.4355-2.1667-1.72717.3952-4.94781.14890.1034-0.03630.03450.0819-0.26540.20910.0941-0.07040.16210.1631-0.0219-0.0401-0.33370.32290.175384.51-45.662625.5181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A142 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B142 - 504
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C142 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D142 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E142 - 502
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F142 - 506
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G22 - 35
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H23 - 35
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I23 - 35
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J23 - 35
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K23 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L23 - 35
13X-RAY DIFFRACTION13{ Z|* }Z23 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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