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- PDB-3v53: Crystal structure of human RBM25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v53
タイトルCrystal structure of human RBM25
要素RNA-binding protein 25
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PWI / RNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA processing / regulation of apoptotic process / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RBM25, RNA recognition motif / : / PWI domain / PWI domain / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / RNA recognition motif ...RBM25, RNA recognition motif / : / PWI domain / PWI domain / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gong, D.S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure and functional characterization of the human RBM25 PWI domain and its flanking basic region
著者: Gong, D.S. / Yang, F. / Li, F. / Qian, D. / Wu, M. / Shao, Z. / Wu, M. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 25
B: RNA-binding protein 25
C: RNA-binding protein 25
D: RNA-binding protein 25
E: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9835
ポリマ－69,9835
非ポリマー00
水00
1
A: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9971
ポリマ－13,9971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9971
ポリマ－13,9971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9971
ポリマ－13,9971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9971
ポリマ－13,9971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: RNA-binding protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9971
ポリマ－13,9971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.577, 86.172, 197.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein 25 / Arg/Glu/Asp-rich protein of 120 kDa / RED120 / Protein S164 / RNA-binding motif protein 25 / RNA- ...Arg/Glu/Asp-rich protein of 120 kDa / RED120 / Protein S164 / RNA-binding motif protein 25 / RNA-binding region-containing protein 7


分子量: 13996.522 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 734-843 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM25 / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49756

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.65
詳細: pH 5.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器日付: 2010年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15818 / Num. obs: 15818

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 43.911 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29835 765 4.9 %RANDOM
Rwork0.26376 ---
obs0.26537 14732 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 0 0 4150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.9685747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0035530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.45124.286154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02415736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3131.52697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57724336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.55531536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9624.51411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 55 -
Rwork0.315 1062 -
obs--96.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67032.54623.18127.49544.20986.6566-0.1020.11280.14680.36580.1010.25610.60451.00030.00090.23140.20130.01130.56150.1420.248630.35719.52323.728
26.3323-0.50292.67852.1413-1.23634.35850.08120.0286-0.2175-0.273-0.05290.01730.1991-0.6368-0.02830.2568-0.14760.11550.2767-0.09730.072117.73450.74718.33
34.8074-0.1864-0.36862.18241.28053.924-0.0709-0.32850.3197-0.2044-0.1684-0.1555-0.0455-0.55860.23930.14410.1079-0.07130.189-0.11460.2355-20.62433.68553.919
41.09831.22481.39954.26631.37582.5779-0.06040.17120.1149-0.18650.1567-0.3043-0.01970.0316-0.09640.1248-0.05530.01540.13850.03460.2223-5.11517.74836.716
56.4038-1.79010.76177.4504-4.004111.6575-0.01030.2439-0.80120.16040.0055-0.33610.2132-0.30620.00470.0972-0.16170.07090.3006-0.19280.243913.34117.9641.187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A729 - 841
2X-RAY DIFFRACTION2B730 - 841
3X-RAY DIFFRACTION3C736 - 839
4X-RAY DIFFRACTION4D731 - 839
5X-RAY DIFFRACTION5E736 - 838

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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