PDB-3v4n: The Biochemical and Structural Basis for Inhibition of Enterococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v4n

タイトル

The Biochemical and Structural Basis for Inhibition of Enterococcus faecalis HMG-CoA Synthatse, mvaS, by Hymeglusin

要素

HMG-CoA synthase

キーワード

Transferase/Inhibitor / HYDROXYMETHYLGLUTARYL-CoA SYNTHASE / NITROSYLATION / Transferase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / ergosterol biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Skaff, D.A. / Ramyar, K.X. / McWhorter, W.J. / Geisbrecht, B.V. / Miziorko, H.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Biochemical and structural basis for inhibition of Enterococcus faecalis hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, mvaS, by hymeglusin.
著者: Skaff, D.A. / Ramyar, K.X. / McWhorter, W.J. / Barta, M.L. / Geisbrecht, B.V. / Miziorko, H.M.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月10日	Group: Refinement description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v4n.cif.gz	627.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v4n.ent.gz	533.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v4n_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v4n_full_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示
XML形式データ	3v4n_validation.xml.gz	69.1 KB	表示
CIF形式データ	3v4n_validation.cif.gz	102.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v4xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v4x-1 3v4x-4 6hxa-d 6cg2-1 6jl0-d 7kk4-2 6cg1-2 5nqr-d 5xsu-2 3v4x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HMG-CoA synthase

B: HMG-CoA synthase

C: HMG-CoA synthase

D: HMG-CoA synthase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HMG-CoA synthase

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: HMG-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: HMG-CoA synthase

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: HMG-CoA synthase

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: HMG-CoA synthase

B: HMG-CoA synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 2 ポリマー
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6

C: HMG-CoA synthase

D: HMG-CoA synthase

ソフトウェアが定義した集合体
85.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.531, 56.279, 123.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HMG-CoA synthase 分子量: 42625.930 Da / 分子数: 4 / 変異: A163S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: ATCC 4200 / 遺伝子: mvaS / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FD71, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 23% PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日
放射	モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40.24 Å / Num. all: 197160 / Num. obs: 193837 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 3.5 / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→26.965 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1943	18667	10 %	RANDOM
R_work	0.1411	-	-	-
obs	0.1464	193837	98.32 %	-
all	-	197160	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6759 Å²	0 Å²	-0.5297 Å²
2-	-	5.4355 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.7596 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11917	0	14	1494	13425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	16610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.679	4495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1891
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6159	0.3075	593	0.2119	5342	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6159-1.6349	0.2819	631	0.1937	5676	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6349-1.6549	0.2718	621	0.1782	5589	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6549-1.6758	0.2566	641	0.1621	5753	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6758-1.6979	0.2294	625	0.159	5625	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6979-1.7211	0.2382	638	0.1463	5747	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7211-1.7457	0.2179	641	0.148	5774	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7457-1.7718	0.2373	631	0.1481	5676	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7718-1.7994	0.2207	640	0.1361	5768	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7994-1.8289	0.2176	641	0.1356	5766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8289-1.8605	0.2148	644	0.1331	5806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8605-1.8943	0.2157	643	0.1326	5777	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8943-1.9307	0.1965	644	0.1272	5793	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9307-1.9701	0.2073	646	0.1325	5832	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9701-2.0129	0.2016	646	0.1356	5810	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0129-2.0597	0.2083	652	0.133	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0597-2.1112	0.1943	647	0.134	5814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1112-2.1683	0.1976	649	0.1361	5847	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1683-2.2321	0.1958	657	0.1297	5912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2321-2.3041	0.2022	647	0.1338	5826	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3041-2.3864	0.1955	656	0.1302	5898	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3864-2.4819	0.2003	652	0.1339	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4819-2.5947	0.1934	657	0.1379	5899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5947-2.7314	0.2126	656	0.1545	5911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7314-2.9023	0.2093	661	0.1489	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9023-3.1261	0.1906	661	0.1467	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1261-3.4402	0.1976	659	0.1527	5933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4402-3.9366	0.1809	664	0.1392	5977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9366-4.9547	0.1382	669	0.1191	6019	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9547-26.965	0.1684	671	0.1541	6041	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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