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- PDB-3v4e: Crystal Structure of the galactoside O-acetyltransferase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4e
タイトルCrystal Structure of the galactoside O-acetyltransferase in complex with CoA
要素Galactoside O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / galactoside O-acetyltransferase / CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


galactoside O-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Galactoside O-acetyltransferase LacA-like / Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase hexapeptide capping motif / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily ...Galactoside O-acetyltransferase LacA-like / Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase hexapeptide capping motif / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative acetyltransferase SACOL2570
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Knapik, A.A. / Shumilin, I.A. / Luo, H.-B. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: Biophysical analysis of the putative acetyltransferase SACOL2570 from methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Luo, H.B. / Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Demas, M. / Shumilin, I.A. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Minor, W.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactoside O-acetyltransferase
B: Galactoside O-acetyltransferase
C: Galactoside O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9069
ポリマ－67,2513
非ポリマー2,6556
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.424, 53.461, 53.477
Angle α, β, γ (deg.)89.75, 89.78, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Galactoside O-acetyltransferase / Acetyltransferase SACOL2570


分子量: 22417.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL2570 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3RIL
参照: UniProt: Q5HCZ5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 206分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NA DIH PHOSPHATE, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射モノクロメーター: C (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 39809 / Num. obs: 39809 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / Num. unique all: 1293 / Rsym value: 0.075 / % possible all: 57.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FTT

3ftt


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.441 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22215 2000 5 %RANDOM
Rwork0.18039 ---
all0.18252 37809 --
obs0.18252 37809 92.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0.39 Å21.34 Å2
2--0.09 Å2-0.01 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 166 200 4756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.024677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.9656371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2937476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57324.771218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18815709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6511518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 78 -
Rwork0.164 1727 -
obs--56.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
151.396-0.4381-0.535615.75036.72562.87430.2324-0.6889-1.19561.0103-0.43880.40950.43-0.19210.20640.2273-0.01170.04570.13830.11520.1451-9.066-20.03322.931
22.0372-0.81792.8732.0243-1.10616.62060.04460.0826-0.18590.0355-0.0440.06920.45030.2404-0.00070.08540.01360.01180.06230.0580.1081-6.984-18.15415.045
32.2083-0.8458-1.31020.42920.03386.14540.00230.2286-0.13740.0089-0.02460.06030.0306-0.4980.02230.02530.0029-0.04730.09460.00450.1116-19.373-8.652-2.775
41.1468-0.37320.06030.7929-0.07240.3838-0.0443-0.0791-0.11330.03850.00710.0670.0244-0.11540.03720.06120.0179-0.02180.09560.02390.0761-9.233-5.0110.077
51.6914-0.8952-0.22451.1212-0.2170.5531-0.0343-0.1915-0.01960.13490.0394-0.0182-0.0845-0.0071-0.0050.09710.0261-0.04390.1070.01650.0354-4.4715.13615.328
658.49-15.53891.46848.7952-1.59264.51020.1778-1.45712.02310.2174-0.0398-0.3921-0.63610.0486-0.13810.23910.0226-0.01360.0979-0.07680.0971-6.62519.4617.029
73.00451.9546-0.16096.8611-2.04377.642-0.11670.11450.5535-0.26450.20720.2483-0.0689-0.2984-0.09050.09390.0847-0.03160.13290.02470.1306-16.96722.658-6.444
83.1287-5.2536-2.537511.47893.97862.089-0.28160.2103-0.4390.5757-0.04770.98320.2261-0.19250.32930.1190.0388-0.01370.16680.01780.1564-19.3649.25-9.411
90.68020.3892-0.29850.86110.3320.9484-0.03110.0692-0.0677-0.18730.0519-0.0227-0.0504-0.1396-0.02080.16430.0213-0.04660.12770.02560.0417-5.7272.889-18.527
101.9058-0.3016-0.33640.51770.02790.4935-0.00910.0144-0.0285-0.11640.04910.0269-0.0665-0.1067-0.040.10780.0373-0.03970.07320.01450.0519-1.0799.291-8.863
111.76690.2274-1.00350.3103-0.13111.40040.07560.08460.1583-0.0496-0.0094-0.0114-0.2187-0.125-0.06620.12680.0422-0.03370.03770.01190.0527-1.85115.383-1.57
121.5790.041-0.25691.08430.31733.1762-0.0307-0.1150.2247-0.05990.0868-0.1648-0.27660.2983-0.05610.1024-0.0265-0.03470.05280.00260.131915.25616.817-4.672
1310.71933.05422.00653.61231.27854.86890.07460.4124-0.2172-0.16910.0417-0.0299-0.04770.4538-0.11630.13370.06350.02440.08430.00020.017620.251-6.243-18.893
143.82940.08480.04820.7199-0.09030.0133-0.05820.2091-0.2932-0.2610.0750.12820.039-0.0024-0.01680.15840.0155-0.04250.0505-0.0090.08040.454-17.097-11.297
150.66930.5914-0.23441.24410.48461.9748-0.00850.0033-0.1763-0.1276-0.0807-0.13260.1052-0.05050.08920.09970.0396-0.03190.0262-0.00470.10558.081-17.243-4.988
162.933-0.8112-4.00912.1199-1.31288.63850.2480.0902-0.0693-0.0346-0.09840.1313-0.375-0.0596-0.14960.07520.0097-0.04130.0560.02270.14935.751-9.881-2.112
170.3974-0.06890.15261.0272-0.54050.91770.0117-0.0614-0.0582-0.0964-0.041-0.17830.03980.09860.02930.06870.026-0.02330.06540.01860.094414.651-3.7280.509
182.5159-1.1079-0.40655.1466-14.5968.4395-0.3143-0.51520.03891.83290.4687-1.0971-0.3738-0.0644-0.15440.14680.0755-0.09220.25890.03870.127216.78-6.75219.414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4A54 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5A125 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6A179 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8B15 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9B33 - 82
10X-RAY DIFFRACTION10B83 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11B115 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12B166 - 188
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14C21 - 52
15X-RAY DIFFRACTION15C53 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16C82 - 92
17X-RAY DIFFRACTION17C93 - 178
18X-RAY DIFFRACTION18C179 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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