[日本語] English
万見
- PDB-3v4d: Crystal structure of RutC protein a member of the YjgF family fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4d
タイトルCrystal structure of RutC protein a member of the YjgF family from E.coli
要素Aminoacrylate peracid reductase RutC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / uracil catabolic process / nitrogen utilization / deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-aminoacrylate deaminase RutC / RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-aminoacrylate deaminase RutC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Otwinowski, Z. / Cymborowski, M.T. / Cooper, D.R. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of Escherichia coli RutC, a member of the YjgF family and putative aminoacrylate peracid reductase of the rut operon.
著者: Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Otwinowski, Z. / Cymborowski, M.T. / Cooper, D.R. / Chruszcz, M. / Krajewska, W.M. / Minor, W.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年11月7日Group: Database references
改定 1.32012年12月12日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoacrylate peracid reductase RutC
C: Aminoacrylate peracid reductase RutC
F: Aminoacrylate peracid reductase RutC
B: Aminoacrylate peracid reductase RutC
D: Aminoacrylate peracid reductase RutC
E: Aminoacrylate peracid reductase RutC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6996
ポリマ－87,6996
非ポリマー00
水6,161342
1
A: Aminoacrylate peracid reductase RutC
C: Aminoacrylate peracid reductase RutC
F: Aminoacrylate peracid reductase RutC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8493
ポリマ－43,8493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
B: Aminoacrylate peracid reductase RutC
D: Aminoacrylate peracid reductase RutC
E: Aminoacrylate peracid reductase RutC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8493
ポリマ－43,8493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.255, 179.181, 45.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Aminoacrylate peracid reductase RutC


分子量: 14616.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: XL-1 Blue / 遺伝子: c1147, rutC / プラスミド: pET15b modified for TEV cleavage / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3RIL / 参照: UniProt: P0AFQ6, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M MMT, 30% PEG 1500, +xylitol, K/Na tartrate, 2,6-pyridinecarboxylic acid, 2,4-pyridinecarboxylic acid, 2,5-pyridinecarboxylic acid, 4-pyridazine carboxylic acid, 3-sulfobenzoic acid, pH ...詳細: 0.1 M MMT, 30% PEG 1500, +xylitol, K/Na tartrate, 2,6-pyridinecarboxylic acid, 2,4-pyridinecarboxylic acid, 2,5-pyridinecarboxylic acid, 4-pyridazine carboxylic acid, 3-sulfobenzoic acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日
放射モノクロメーター: C (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 55593 / Num. obs: 55593 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2712 / Rsym value: 0.633 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 7.94 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21658 2816 5.1 %RANDOM
Rwork0.19337 ---
all0.1946 52607 --
obs0.1946 52607 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2---3.17 Å20 Å2
3---3.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 0 342 5984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.025805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9537937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.39539116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.92324.33224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05615792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 191 -
Rwork0.26 3515 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1620.6215-0.45098.4393-1.8142.0355-0.02380.12620.1637-1.18420.24771.82930.2498-0.1609-0.22390.1698-0.0266-0.2540.17010.02270.421411.02622.0111.132
21.6983-1.27150.11465.57190.08330.97820.0904-0.066-0.3902-0.0659-0.14710.75540.14810.02010.05680.0936-0.00940.00480.1299-0.00680.1442-28.18714.82117.339
30.970.5099-0.27075.9669-1.6771.93710.0186-0.03040.05550.2097-0.3443-0.7128-0.16280.18560.32570.0407-0.0277-0.03770.17220.04420.114130.34829.8318.889
41.6011-1.52480.06826.1668-0.37011.3548-0.1134-0.15090.37050.429-0.0495-1.3519-0.06720.13690.16290.0338-0.0076-0.09730.20740.0230.303-11.63129.26322.138
51.6244-1.0608-0.10264.4044-0.05471.1160.035-0.00090.0864-0.2695-0.13090.4288-0.0763-0.05480.09590.07030.0126-0.03330.1618-0.0230.085-31.31636.88813.79
61.27240.5498-0.23798.8063-1.74811.75340.02010.0038-0.2991-1.0089-0.3155-0.90540.38440.11870.29540.21750.06030.11260.13840.02210.1528.0027.6975.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 127

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る