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- PDB-3v4b: Crystal structure of an enolase from the soil bacterium Cellvibri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4b
タイトルCrystal structure of an enolase from the soil bacterium Cellvibrio japonicus (TARGET EFI-502161) with bound MG and L-tartrate
要素Starvation sensing protein rspA
キーワードLYASE / Enolase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like ...: / D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / D-galactonate dehydratase family member RspA
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase from the soil bacterium Cellvibrio japonicus (TARGET EFI-502161) with bound MG and l-tartrate
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Obaidi, N. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Starvation sensing protein rspA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2314
ポリマ－48,0211
非ポリマー2103
水8,557475
1
A: Starvation sensing protein rspA
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,85032
ポリマ－384,1728
非ポリマー1,67924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area50110 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area81600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.715, 124.715, 110.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

CL

21A-525-

HOH

31A-544-

HOH

41A-557-

HOH

51A-704-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Starvation sensing protein rspA


分子量: 48021.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: rspA, CJA_3069 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PDB1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 4.6
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (0.2M KNaTartrate, 20% Peg3350); Cryoprotection (20% glycerol), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→88.187 Å / Num. all: 85453 / Num. obs: 85453 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.4-1.4812.60.6231.3156024123540.623100
1.48-1.5713.20.4111.9154066116750.411100
1.57-1.6713.80.2762.8151543110140.276100
1.67-1.8114.30.1973.9146532102620.197100
1.81-1.9814.60.1236.213864794740.123100
1.98-2.2114.70.089.412609885980.08100
2.21-2.5614.60.05912.411085875970.059100
2.56-3.1314.50.04415.49388264710.044100
3.13-4.4314.30.0321.57271950840.03100
4.43-88.18713.70.02326.14000429240.02399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QJM

2qjm


解像度: 1.4→32.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.9135 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1618 4276 5 %Random
Rwork0.1486 ---
obs0.1493 85437 99.99 %-
all-85437 --
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.004 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 50.5 Å2 / Biso mean: 15.0059 Å2 / Biso min: 4.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4182 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4182 Å2-0 Å2
3----0.8363 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 12 475 3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6284510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8211203
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4-1.41590.30651500.234826692819
1.4159-1.43260.25681180.224327062824
1.4326-1.450.2191220.199526922814
1.45-1.46840.23421360.182426812817
1.4684-1.48770.20041350.16426632798
1.4877-1.50810.16421490.171826962845
1.5081-1.52970.20471380.161326752813
1.5297-1.55250.18921370.161526582795
1.5525-1.57670.16471430.155127012844
1.5767-1.60260.19221540.150626712825
1.6026-1.63020.18751250.150126852810
1.6302-1.65990.15141270.143226892816
1.6599-1.69180.17861490.144426672816
1.6918-1.72630.1811560.142626862842
1.7263-1.76390.16641490.140326932842
1.7639-1.80490.15151390.140926802819
1.8049-1.850.16071380.143827062844
1.85-1.90.18221340.144726992833
1.9-1.95590.16081350.144127042839
1.9559-2.01910.1631660.147726692835
2.0191-2.09120.1661270.143527182845
2.0912-2.17490.14841610.139626982859
2.1749-2.27390.15541530.136827002853
2.2739-2.39370.1551540.139526892843
2.3937-2.54360.14481590.146827312890
2.5436-2.73990.18151380.147427342872
2.7399-3.01550.12571480.147427202868
3.0155-3.45140.15111340.139927792913
3.4514-4.34670.14061550.133327832938
4.3467-32.14410.15341470.158529193066
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0344 Å / Origin y: -30.0376 Å / Origin z: 13.9583 Å
111213212223313233
T0.0895 Å20.0078 Å2-0.0182 Å2-0.0607 Å20.0232 Å2--0.0705 Å2
L0.4864 °2-0.2002 °2-0.116 °2-0.5905 °20.1775 °2--0.4789 °2
S-0.0089 Å °-0.0528 Å °-0.0962 Å °0.0434 Å °0.0147 Å °0.0193 Å °0.1324 Å °0.0052 Å °-0.006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 402
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 403
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 880
4X-RAY DIFFRACTION1allA507
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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