[日本語] English
万見
- PDB-3v3v: Structural and functional analysis of quercetagetin, a natural JN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v3v
タイトルStructural and functional analysis of quercetagetin, a natural JNK1 inhibitor
要素
  • C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
  • Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of JUN kinase activity ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of cyclase activity / regulation of JNK cascade / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / dendritic growth cone / positive regulation of protein metabolic process / kinesin binding / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / axonal growth cone / response to UV / response to mechanical stimulus / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / vesicle-mediated transport / JNK cascade / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / cellular response to amino acid starvation / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / mitochondrial membrane / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / neuron projection / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / synapse / dendrite / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYU / Mitogen-activated protein kinase 8 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Baek, S. / Kang, N.J. / Popowicz, G.M. / Arciniega, M. / Jung, S.K. / Byun, S. / Song, N.R. / Heo, Y.S. / Kim, B.Y. / Lee, H.J. ...Baek, S. / Kang, N.J. / Popowicz, G.M. / Arciniega, M. / Jung, S.K. / Byun, S. / Song, N.R. / Heo, Y.S. / Kim, B.Y. / Lee, H.J. / Holak, T.A. / Augustin, M. / Bode, A.M. / Huber, R. / Dong, Z. / Lee, K.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Natural JNK1 Inhibitor Quercetagetin.
著者: Baek, S. / Kang, N.J. / Popowicz, G.M. / Arciniega, M. / Jung, S.K. / Byun, S. / Song, N.R. / Heo, Y.S. / Kim, B.Y. / Lee, H.J. / Holak, T.A. / Augustin, M. / Bode, A.M. / Huber, R. / Dong, Z. / Lee, K.W.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,03811
ポリマ－45,0122
非ポリマー1,0269
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area16790 Å2
手法PISA
2
A: Mitogen-activated protein kinase 8
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase 8
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,07622
ポリマ－90,0244
非ポリマー2,05218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
3
A: Mitogen-activated protein kinase 8
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,30588
ポリマ－360,09616
非ポリマー8,20972
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area40190 Å2
ΔGint-1094 kcal/mol
Surface area120230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.370, 172.370, 86.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 43666.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 153-163 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FMOC synthesis / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9WVI9

-
非ポリマー , 4種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-MYU / 3,5,6,7-TETRAHYDROXY-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,6,7-TETRAHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMENE-3,5,6,7-TETRAOL / QUERCETAGETIN / クエルセタゲチン


分子量: 318.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O8
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE SEQUENCE MATCHES TO UNP ENTRY P45983-4(ISOFORM 4).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.1M Ammonium Sulfate 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月8日 / 詳細: monochromator and mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18111 / Num. obs: 13950 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 43.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UKH

1ukh


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.648 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.961 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26553 611 4.4 %RANDOM
Rwork0.22676 ---
all0.2285 13950 --
obs0.22849 13278 76.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 59 27 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.994044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6535357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69724.496129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.68315520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8711515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6061.51804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14422923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26131177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1694.51121
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.505 26 -
Rwork0.504 521 -
obs--42.44 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る