PDB-3v3s: Crystal structure of GES-18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v3s

タイトル

Crystal structure of GES-18

要素

Extended spectrum beta-lactamase GES-18

キーワード

HYDROLASE / Beta lactamase fold / Beta Lactams

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. / Bebrone, C.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: GES-18, a new carbapenem-hydrolyzing GES-Type beta-lactamase from pseudomonas aeruginosa that contains Ile80 and Ser170 residues.
著者: Bebrone, C. / Bogaerts, P. / Delbruck, H. / Bennink, S. / Kupper, M.B. / Rezende de Castro, R. / Glupczynski, Y. / Hoffmann, K.M.

履歴

登録	2011年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v3s.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v3s.ent.gz	184.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qpnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6niq-1 2h02-1 5jct-d 4k4c-1 3i36-d 1i4o-2 2zqa-d 6om5-d 2xph-2 6d3g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extended spectrum beta-lactamase GES-18

B: Extended spectrum beta-lactamase GES-18

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extended spectrum beta-lactamase GES-18

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extended spectrum beta-lactamase GES-18

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.184, 80.506, 87.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Extended spectrum beta-lactamase GES-18 / GES-5 / GES-5 extended-spectrum beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase blaGES-5 分子量: 31236.492 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-LACTAMASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: pa41437 / 遺伝子: blaGes / プラスミド: pET28-GES18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: H2ERK4*PLUS, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.02 M citric acid, 0.08 M Bis-Tris propane, 10 % PEG 3350 , pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月21日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→25 Å / Num. all: 43240 / Num. obs: 43240 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.1 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 5966 / R_sym value: 0.267 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0119	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QPN

2qpn

解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19555	2097	5 %	RANDOM
R_work	0.1576	-	-	-
all	0.15952	41653	-	-
obs	0.15952	39556	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4095	0	0	440	4535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.962	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.164	3.001	7460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.721	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.421	23.147	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.312	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.458	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	142	-
R_work	0.186	2818	-
obs	-	2960	93.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8294	0.4433	0.0189	1.6523	-0.1703	0.4312	0.0868	-0.0508	0.0103	0.1699	-0.1396	0.1803	0.0407	-0.0298	0.0529	0.1578	-0.0411	0.0253	0.208	-0.0217	0.0355	-30.6	-30.837	24.315
2	0.5411	0.2848	-0.0624	1.4255	-0.4082	0.3744	-0.0154	0.0254	0.0468	0.006	0.0691	0.0308	-0.0145	-0.0484	-0.0538	0.1473	0.0029	0.0094	0.189	0.0047	0.0131	-8.563	-6.052	15.13

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 287
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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