PDB-3v3n: Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v3n

タイトル

Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex with minocycline

要素

TetX2 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Rossmann Fold / tetracycline degrading monooxygenase / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tetracycline 11a-monooxygenase / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Walkiewicz, K. / Shamoo, Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex with minocycline
著者: Walkiewicz, K. / Shamoo, Y.

履歴

登録	2011年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v3n.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v3n.ent.gz	248.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v3n_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v3n_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	3v3n_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	3v3n_validation.cif.gz	75.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p9uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xyo-2 3v3o-2 2y6q-3 3v3o-3 2y6r-2 3v3o-4 4a99-2 3p9u-2 2y6q-1 2y6r-3 4guv-4 2y6q-2 2y6r-4 2xdo-3 4a6n-4 4a99-3 4guv-3 3v3o-1 4guv-1 3p9u-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TetX2 protein

B: TetX2 protein

C: TetX2 protein

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TetX2 protein

ヘテロ分子

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3

C: TetX2 protein

ヘテロ分子

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4

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.426, 80.102, 87.362
Angle α, β, γ (deg.)	111.11, 90.10, 93.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )
2	1	chain B and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )
3	1	chain C and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )
4	1	chain D and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LYS	LYS	chain 'A' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	A	A	14 - 246	4 - 236
1	2	GLN	GLN	PHE	PHE	chain 'A' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	A	A	250 - 382	240 - 372
2	1	LEU	LEU	LYS	LYS	chain 'B' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	B	B	14 - 246	4 - 236
2	2	GLN	GLN	PHE	PHE	chain 'B' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	B	B	250 - 382	240 - 372
3	1	LEU	LEU	LYS	LYS	chain 'C' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	C	C	14 - 246	4 - 236
3	2	GLN	GLN	PHE	PHE	chain 'C' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	C	C	250 - 382	240 - 372
4	1	LEU	LEU	LYS	LYS	chain 'D' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	D	D	14 - 246	4 - 236
4	2	GLN	GLN	PHE	PHE	chain 'D' and (resseq 14:246 or resseq 250:382 )	D	D	250 - 382	240 - 372

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999155, 0.013139, -0.038949), (0.0001, -0.946756, -0.321951), (-0.041105, -0.321683, 0.945955)	-38.838001, -18.172701, -3.82157
2	given	(-0.999446, -0.004031, 0.033027), (0.006816, 0.946773, 0.321829), (-0.032567, 0.321876, -0.946222)	-8.49614, -58.584, -23.679399
3	given	(0.999993, -0.00194, -0.003083), (-0.00194, -0.999998, 0.00017), (-0.003083, -0.000164, -0.999995)	34.214802, -35.099201, -7.09053

#1: タンパク質	TetX2 protein 分子量: 42502.141 Da / 分子数: 4 / 断片: TetX2 protein / 変異: T280A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: Bacteroides thetaiotaomicron / 遺伝子: tetX2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物	ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE 分子量: 457.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₃O₇ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化	温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: Ammonium Sulafate, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日
詳細: Rosenbaum-Rock Si (111) sagitally focused monochromator

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si (111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.703→50 Å / Num. obs: 43415 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.703-2.77	1.5	0.317	1	84.7
2.77-2.82	1.6	0.302	1	89.7
2.82-2.87	1.6	0.284	1	92.2
2.87-2.93	1.6	0.233	1	94.1
2.93-2.99	1.6	0.205	1	92.6
2.99-3.06	1.6	0.175	1	94.6
3.06-3.14	1.6	0.164	1	92.4
3.14-3.22	1.6	0.137	1	92.7
3.22-3.32	1.7	0.118	1	92.5
3.32-3.43	1.7	0.113	1	90.6
3.43-3.55	1.7	0.096	1	92.5
3.55-3.69	1.7	0.092	1	91.5
3.69-3.86	1.8	0.088	1	93.3
3.86-4.06	1.8	0.083	1	92.8
4.06-4.32	1.9	0.077	1	92.7
4.32-4.65	1.9	0.066	1	92.5
4.65-5.12	1.9	0.061	1	95.5
5.12-5.86	1.9	0.061	1	97
5.86-7.38	1.9	0.055	1	98.2
7.38-50	1.9	0.048	1	97.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	49.3 Å
Translation	2.7 Å	49.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JBluIce-EPICS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P9U

3p9u

解像度: 2.703→49.297 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.87 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2757	1896	4.61 %	RANDOM
R_work	0.2208	-	-	-
obs	0.2233	41120	87.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.317 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5001 Å²	-1.5437 Å²	-0.0816 Å²
2-	-	8.6507 Å²	9.3194 Å²
3-	-	-	-10.1508 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.703→49.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11559	0	384	150	12093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	16573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.418	4541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1797
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2145

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2874	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	2	B	2874	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	2874	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2874	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.703-2.7706	0.4473	95	0.3349	1844	X-RAY DIFFRACTION	58
2.7706-2.8455	0.3905	108	0.3068	2552	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8455-2.9292	0.3528	137	0.2895	2594	X-RAY DIFFRACTION	82
2.9292-3.0237	0.3811	133	0.2702	2710	X-RAY DIFFRACTION	85
3.0237-3.1318	0.2834	135	0.2575	2870	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1318-3.2572	0.3249	134	0.2323	2877	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2572-3.4054	0.2743	145	0.2208	2869	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4054-3.5849	0.2804	143	0.2106	2873	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5849-3.8094	0.2579	149	0.2041	2946	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8094-4.1034	0.234	137	0.1942	2903	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1034-4.5161	0.2208	139	0.1764	2930	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5161-5.1689	0.2155	139	0.185	3011	X-RAY DIFFRACTION	94
5.1689-6.5099	0.2847	151	0.2163	3114	X-RAY DIFFRACTION	97
6.5099-49.3051	0.2795	151	0.2381	3131	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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