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- PDB-3v3l: Crystal structure of human RNF146 WWE domain in complex with iso-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v3l
タイトルCrystal structure of human RNF146 WWE domain in complex with iso-ADPRibose
要素E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-ADP-D-ribose binding / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity ...poly-ADP-D-ribose binding / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF146 / RNF146, RING finger, HC subclass / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #50 / WWE domain, subgroup / Domain in Deltex and TRIP12 homologues. Possibly involved in regulation of ubiquitin-mediated proteolysis. / WWE domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF146 / RNF146, RING finger, HC subclass / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #50 / WWE domain, subgroup / Domain in Deltex and TRIP12 homologues. Possibly involved in regulation of ubiquitin-mediated proteolysis. / WWE domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V3L / E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Wang, Z. / Cheng, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: Recognition of the iso-ADP-ribose moiety in poly(ADP-ribose) by WWE domains suggests a general mechanism for poly(ADP-ribosyl)ation-dependent ubiquitination.
著者: Wang, Z. / Michaud, G.A. / Cheng, Z. / Zhang, Y. / Hinds, T.R. / Fan, E. / Cong, F. / Xu, W.
履歴
登録2011年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6294
ポリマ－20,5102
非ポリマー1,1192
水2,234124
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8152
ポリマ－10,2551
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8152
ポリマ－10,2551
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.343, 55.343, 146.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-91-

HOH

21A-188-

HOH

31B-184-

HOH

41B-196-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RNF146 / Dactylidin / RING finger protein 146


分子量: 10255.229 Da / 分子数: 2 / 断片: WWE domain residues 100-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTX7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-V3L / 2'-O-(5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranosyl)adenosine 5'-(dihydrogen phosphate)


タイプ: RNA linking / 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 295 K / pH: 8
詳細: 45% PEG 400, 100 mM Tris HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→20 Å / Num. obs: 32399
反射 シェル解像度: 1.63→1.68 Å / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.309 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1575 5.1 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.153 29606 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 72 124 1618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.9942245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81532813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.12122.6694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76615291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4711522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4064898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.394372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2861443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7826750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.22710800
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.79532824
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 130 -
Rwork0.182 2059 -
obs--97.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42360.2975-0.0120.7695-0.27411.077-0.04730.0416-0.0001-0.06150.0245-0.0045-0.0203-0.00130.02280.0212-0.00450.00180.0088-0.00460.006427.026564.835183.971
20.5410.1592-0.470.95280.08740.84470.0506-0.02040.01240.1131-0.07330.04650.0185-0.02340.02270.0255-0.01640.00620.0182-0.00770.007413.877241.757486.3183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A101 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2B99 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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