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- PDB-3v2b: Human poly(adp-ribose) polymerase 15 (ARTD7, BAL3), macro domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v2b
タイトルHuman poly(adp-ribose) polymerase 15 (ARTD7, BAL3), macro domain 2 in complex with adenosine-5-diphosphoribose
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 15
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE / ADP-RIBOSE / BAL3 / B-AGGRESSIVE LYMPHOMA PROTEIN 3 / GLYCOSYLTRANSFERASE / NUCLEUS / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ADP-RIBOSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. ...: / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Karlberg, T. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Karlberg, T. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kallas, A. / Kotenyova, T. / Kotzcsh, A. / Kraulis, P. / Nielsen, T.K. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van den berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Recognition of Mono-ADP-Ribosylated ARTD10 Substrates by ARTD8 Macrodomains.
著者: Forst, A.H. / Karlberg, T. / Herzog, N. / Thorsell, A.G. / Gross, A. / Feijs, K.L. / Verheugd, P. / Kursula, P. / Nijmeijer, B. / Kremmer, E. / Kleine, H. / Ladurner, A.G. / Schuler, H. / Luscher, B.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2013年2月6日ID: 3KH6
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1502
ポリマ－21,5911
非ポリマー5591
水1,72996
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3004
ポリマ－43,1812
非ポリマー1,1192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.102, 91.187, 62.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 / B-aggressive lymphoma protein 3


分子量: 21590.600 Da / 分子数: 1 / 断片: MACRO DOMAIN 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAL3, PARP15 / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 PRARE / 参照: UniProt: Q460N3, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG6000, 0.1M NA-ACETATE, 0.2M NaCl, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. all: 10255 / Num. obs: 10255 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SPV

1spv


解像度: 2.2→34.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 5.287 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23823 513 5 %RANDOM
Rwork0.17327 ---
all0.17648 9742 --
obs0.17648 9742 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1336 0 36 96 1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9951936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9343.0022301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35724.90955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1515247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.914157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.881.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.5361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6321452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5383531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.234.5481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 37 -
Rwork0.181 700 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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