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- PDB-3v1l: Crystal Structure of the S112A/H265Q mutant of a C-C hydrolase, B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v1l
タイトルCrystal Structure of the S112A/H265Q mutant of a C-C hydrolase, BphD from Burkholderia xenovorans LB400
要素2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
キーワードHYDROLASE / C-C bond hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold / BPHD / ALPHA/BETA HYDROLASE / PCB DEGRADATION / META CLEAVAGE PRODUCT HYDROLASE / MCP HYDROLASE / 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYL-HEXA-2 / 4-DIENOATE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能
2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase, BphD / : / Alpha/beta hydrolase family / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Ghosh, S. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Identification of an Acyl-Enzyme Intermediate in a meta-Cleavage Product Hydrolase Reveals the Versatility of the Catalytic Triad.
著者: Ruzzini, A.C. / Ghosh, S. / Horsman, G.P. / Foster, L.J. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2011年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1472
ポリマ－32,0431
非ポリマー1041
水2,810156
1
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5878
ポリマ－128,1714
非ポリマー4164
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area38300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.458, 117.458, 87.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase / HOPDA hydrolase / 2 / 6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase


分子量: 32042.633 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A,H265Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bphD, Bxeno_C1120, Bxe_C1186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: P47229, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細WATER 427 MAY BE A CATION SUCH AS NA+ BUT THIS WAS NOT TESTED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 298 K
手法: vapor diffusing, シッティングドロップ法, microseeding
pH: 6.8
詳細: 2.4 M Sodium malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSING, SITTING DROP, MICROSEEDING, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→83.06 Å / Num. obs: 17692 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.11-2.193.20.36714320.933180.6
2.19-2.274.10.38117290.965197.6
2.27-2.384.70.34117740.954199.1
2.38-2.55.60.3217721.086199.9
2.5-2.666.90.31717911.0251100
2.66-2.868.80.31417941.0461100
2.86-3.1510.30.20618021.0861100
3.15-3.6110.50.11718231.0711100
3.61-4.5410.40.08418351.0141100
4.54-509.90.05919401.1531100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.16 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.38 Å45.08 Å
Translation2.38 Å45.08 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→83.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1987 / WRfactor Rwork: 0.1656 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8545 / SU B: 4.815 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.2285 / SU Rfree: 0.1804 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 893 5.1 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1809 17669 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.04 Å2 / Biso mean: 24.0162 Å2 / Biso min: 13.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→83.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 7 156 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9473191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86133906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6435291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63623.894113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55415393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3971514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02515
LS精密化 シェル解像度: 2.113→2.168 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 50 -
Rwork0.247 1019 -
all-1069 -
obs--88.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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