PDB-3v17: Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent tau...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v17

タイトル

Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenase from Pseudomonas putida KT2440

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / jelly roll motif / dioxygenase / Fe(II) / alpha-ketoglutarate / taurine

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfonate dioxygenase activity / sulfur compound catabolic process / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Knauer, S.H. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: The Fe(II) / alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenases from Pseudomonas putida and Escherichia coli are tetramers
著者: Knauer, S.H. / Hartl-Spiegelhauer, O. / Schwarzinger, S. / Hanzelmann, P. / Dobbek, H.

履歴

登録	2011年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v17.cif.gz	445.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v17.ent.gz	370.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v17_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v17_full_validation.pdf.gz	488.4 KB	表示
XML形式データ	3v17_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	3v17_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v15C 3pvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1os7-d 1otj-d 6ujy-d 5xn0-1 6kdk-1 6uir-d 6ujz-d 6oun-d 5hlf-2 5d3g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.093, 112.093, 214.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase 分子量: 31134.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: PP0230, PP_0230, tauD / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q88RA3, taurine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: reservoir solution: 15 % (w/v) PEG 1,000, 40 % (v/v) PEG 400, 0.15 M NaK phosphate, 0.1 M imidazole chloride protein solution: 27 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) drop set up: 0.3 l + ...詳細: reservoir solution: 15 % (w/v) PEG 1,000, 40 % (v/v) PEG 400, 0.15 M NaK phosphate, 0.1 M imidazole chloride protein solution: 27 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) drop set up: 0.3 l + 0.3 l, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.53 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: reservoir solution: 15 % (w/v) PEG 1,000, 40 % (v/v) PEG 400, 0.15 M NaK phosphate, 0.1 M imidazole chloride protein solution: 27 mg/ml protein in 25 mM Tris/HCl (pH 7.7) drop set up: 0.3 l + ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→30 Å / Num. all: 51026 / Num. obs: 50975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 17.17
反射シェル	解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique all: 3710 / R_sym value: 0.486 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3PVJ

3pvj

解像度: 2.57→30 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2253	2514	5 %	random
R_work	0.1778	-	-	-
obs	0.1802	50270	99.9 %	-
all	-	50320	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.637 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3437 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.3437 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.6875 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.57→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8776	0	40	402	9218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.729	12380
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.395	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.57-2.6619	0.2556	247	0.2084	4705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-2.7684	0.28	249	0.1957	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7684-2.8943	0.274	248	0.199	4731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8943-3.0468	0.2519	249	0.1956	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0468-3.2376	0.2521	250	0.1957	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2376-3.4873	0.2455	250	0.1799	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4873-3.8378	0.2202	250	0.1744	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8378-4.3921	0.1874	253	0.1451	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3921-5.5295	0.1688	254	0.1389	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5295-33.4838	0.2038	264	0.1705	4991	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7265	0.3189	-0.0936	1.732	-0.6035	0.6824	-0.0252	-0.0583	-0.026	0.2536	0.0149	-0.1528	-0.0871	-0.0825	0.0116	0.1412	0.0199	-0.0117	0.137	-0.0422	0.0779	-44.3411	26.2369	25.8048
2	0.8448	0.2929	0.057	0.9573	0.1423	0.8453	-0.0103	0.0067	0.0849	0.1166	0.0319	-0.0925	-0.0971	-0.0119	-0.0074	0.1503	0.0196	-0.064	0.1458	-0.0771	0.1669	-39.801	71.0978	25.7441
3	0.4957	-0.1099	-0.0709	1.5423	-0.4164	0.8702	-0.0535	0.067	0.0589	-0.0417	0.0928	0.0556	0.0196	-0.1567	-0.0313	0.0872	0.023	0.0165	0.1607	-0.0154	0.1259	-46.8449	66.4619	-5.915
4	0.7247	0.6138	-0.0038	1.0577	0.0225	0.4012	-0.176	0.1594	0.0146	-0.0973	0.1219	0.1697	0.0511	-0.1145	0.043	0.1316	-0.0317	0.0096	0.2658	-0.0664	0.1772	-72.8951	33.9604	12.0661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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