+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uzy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) E120H mutant in complex with NADP+ and 5beta-dihydrotestosterone | ||||||
![]() | 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / STEROID AND BILE ACID METABOLISM / CATALYTIC TETRAD MUTANT / Tim Barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / steroid dehydrogenase activity / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / aldose reductase (NADPH) activity ...Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / steroid dehydrogenase activity / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / aldose reductase (NADPH) activity / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cholesterol catabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / steroid binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, M. / Christianson, D.W. / Penning, T.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conversion of Human Steroid 5beta-Reductase (AKR1D1) into 3β-Hydroxysteroid Dehydrogenase by Single Point Mutation E120H: EXAMPLE OF PERFECT ENZYME ENGINEERING. 著者: Chen, M. / Drury, J.E. / Christianson, D.W. / Penning, T.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 125.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39608.289 Da / 分子数: 2 / 変異: E120H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P51857, Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 14-20% polyethylene glycol 4000, 10% isopropanol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 63671 / Num. obs: 58578 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3UZW 解像度: 1.832→42.966 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8672 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.272 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.39 Å2 / Biso mean: 20.8956 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.832→42.966 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
|