PDB-3uzr: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uzr

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, apo form

要素

Aminoglycoside phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / aminoglycoside phosphotransferase / antibiotic resistance / cytoplasmic / intracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Minasov, G. / Singer, A.U. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, apo form
著者: Stogios, P.J. / Minasov, G. / Singer, A.U. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2011年12月28日	ID: 3R6Z
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uzr.cif.gz	150.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uzr.ent.gz	124.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/3uzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dca
類似構造データ	6cey-1 1si7-d 3q2m-d 5hkw-2 4dbx-d 5byl-2 5byl-1 4n57-2 7c3f-3 3sgc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP91187

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.720, 62.219, 89.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aminoglycoside phosphotransferase 分子量: 38155.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aph(2')-Ib / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93ET9

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MG CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 24877 / Num. obs: 25410 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 23.28
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / R_sym value: 0.391 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 10.46 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24536	1179	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19382	-	-	-
obs	0.19643	22090	91.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	37	261	2787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.976	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.8	3	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.687	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.304	25.141	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.229	15	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.792	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.972	1.5	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.308	1.5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.701	2	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.068	3	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.807	4.5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	60	-
R_work	0.281	1208	-
obs	-	-	70.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.3947	-5.2752	4.6051	7.9514	1.2891	5.9383	-0.166	-0.9407	-0.753	0.4225	0.2469	-0.015	0.4751	0.3049	-0.0809	0.2641	0.0489	0.1068	0.3648	0.2212	0.3515	-25.1239	-16.773	39.5307
2	2.6285	1.7279	-1.1493	3.1962	-0.197	1.8622	0.0417	-0.5	-0.217	0.3706	-0.0307	-0.0883	0.096	0.2615	-0.011	0.1748	0.0755	0.0417	0.2535	0.043	0.1845	-16.4799	-6.4514	31.6794
3	1.4273	0.3835	0.6437	2.1112	0.7837	2.2109	-0.0676	-0.1526	-0.0161	0.0583	-0.0482	0.1468	0.0825	-0.0673	0.1158	0.0694	0.0073	0.0189	0.0338	0.0178	0.0316	-7.8692	-0.5599	15.2506
4	2.9363	-0.789	0.8429	2.8578	-1.1817	2.3053	-0.1156	-0.2471	0.1678	0.1651	0.0373	-0.0058	-0.141	0.106	0.0783	0.0694	-0.0239	0.0114	0.0581	-0.0367	0.0554	16.5176	0.1224	33.6707
5	1.743	-0.1232	0.534	0.6543	0.1858	0.9256	-0.0466	-0.0468	-0.0356	0.0155	0.0297	-0.0337	0.0534	-0.0005	0.0169	0.0913	-0.0212	0.0118	0.0153	0.0034	0.0111	-1.6568	-0.7716	16.1615
6	1.3929	1.8588	-1.1197	5.3516	-4.0425	4.3505	0.0295	-0.0128	-0.0529	-0.1065	0.0055	0.0141	0.1341	0.1139	-0.0351	0.0983	-0.003	-0.0068	0.0326	-0.0269	0.0663	14.6783	-10.7603	31.074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	184 - 263
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	264 - 299

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