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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uyw | ||||||
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タイトル | Crystal structures of globular head of 2009 pandemic H1N1 hemagglutinin | ||||||
![]() | Hemagglutinin | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza virus / subunit vaccine / hemagglutinin (HA) | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xuan, C.L. / Shi, Y. / Qi, J.X. / Xiao, H.X. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural vaccinology: structure-based design of influenza A virus hemagglutinin subtype-specific subunit vaccines 著者: Xuan, C.L. / Shi, Y. / Qi, J.X. / Zhang, W. / Xiao, H.X. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 354.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 288.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24137.064 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 65-278 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: C3W5S1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 59386 / Num. obs: 59386 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3AL4 解像度: 1.903→35.134 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8704 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.099 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.55 Å2 / Biso mean: 27.8911 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.903→35.134 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.5222 Å / Origin y: -17.6252 Å / Origin z: 32.2131 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |