ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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REFMAC | 5.5.0102精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.762 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2294 | 1533 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1831 | - | - | - |
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all | 0.1855 | 30663 | - | - |
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obs | 0.1855 | 30452 | 99.31 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.42 Å2 / Biso mean: 35.757 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.07 Å2 | 0 Å2 | -1.66 Å2 |
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2- | - | -0.19 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.22 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4170 | 0 | 27 | 133 | 4330 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.014 | 0.022 | 4379 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.534 | 1.937 | 5917 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.279 | 5 | 530 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.761 | 25.33 | 227 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg16.509 | 15 | 810 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg17.097 | 15 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.109 | 0.2 | 595 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 3348 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.725 | 1.5 | 2544 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.333 | 2 | 4108 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.293 | 3 | 1835 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.631 | 4.5 | 1795 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.297 | 87 | - |
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Rwork | 0.219 | 1966 | - |
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all | - | 2053 | - |
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obs | - | - | 92.44 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.0643 | -0.1082 | 0.6527 | 1.8401 | 0.0006 | 1.9618 | 0.03 | -0.0168 | -0.0078 | 0.0347 | -0.0102 | 0.0214 | 0.0145 | 0.0048 | -0.0197 | 0.0259 | -0.0034 | 0.0032 | 0.0181 | 0.0019 | 0.0011 | -5.656 | -0.72 | 22.852 | 2 | 1.6151 | 0.1801 | 0.0365 | 2.3933 | -0.5978 | 3.4783 | -0.0499 | 0.0974 | -0.0888 | -0.0353 | -0.0596 | -0.0207 | 0.0879 | 0.1086 | 0.1095 | 0.0732 | 0.0063 | -0.0223 | 0.048 | 0.0059 | 0.069 | -17.422 | -25.601 | -1.23 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A2 - 253 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B2 - 253 | | |
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