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- PDB-3uxj: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uxj
タイトルCrystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ0
要素NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase Substrate / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / tunneling fold / reductase / cytosol / Oxidoreductase-Oxidoreductase Substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF type 2 / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal / Nitrile reductase, 7-cyano-7-deazaguanine-reductase N-term / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / QueF-like protein / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhang, R. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ0
著者: Kim, Y. / Zhang, R. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,84719
ポリマ－133,0854
非ポリマー2,76215
水20,0331112
1
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,07912
ポリマ－66,5432
非ポリマー1,53610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
2
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7687
ポリマ－66,5432
非ポリマー1,2265
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.387, 71.416, 71.358
Angle α, β, γ (deg.)110.01, 119.54, 99.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細two dimers, chains A and B, and chains C and D.

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要素

#1: タンパク質
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase / PreQ(0) reductase


分子量: 33271.285 Da / 分子数: 4 / 変異: R262L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: queF, VCM66_0859 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: C3LTF1, UniProt: Q9KTK0*PLUS, preQ1 synthase
#2: 化合物
ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE PREQ0 COMPOUND REACTED SO THAT A COVALENT BOND WAS FORMED BETWEEN THE COMPOUND (REPRESENTED AS ...THE PREQ0 COMPOUND REACTED SO THAT A COVALENT BOND WAS FORMED BETWEEN THE COMPOUND (REPRESENTED AS PRF) AND CYS 194. AUTHORS STATE THAT THE COMPLEX IS SUPPOSED TO BE A TRANSITION STATE INTERMEDIATE TRAPPED BY MUTATION. THE C10 ATOM OF PRF IS MORE CLOSE TO SP2 BUT NOT NECESSARILY 100%. IT IS FLAT IN SPITE OF STERIC HINDRANCE AND ACTUALLY SLIGHTLY OFF FROM THE FLAT, BETWEEN SP2 AND SP3. THE BOND BETWEEN C10 OF PRF AND SG OF CYS SHOULD BE PARTIAL DOUBLE BOND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium potassium phosphate pH 6.2, 20 % (w/v) PEG-1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 194723 / Num. obs: 194723 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 10.85 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 6903 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 67.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_920)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3S19

3s19


解像度: 1.401→27.009 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 9810 5.04 %random
Rwork0.132 ---
all0.134 194705 --
obs0.134 194705 94.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.887 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5345 Å2-0.7416 Å2-0.3987 Å2
2---1.284 Å2-1.9309 Å2
3---0.7494 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→27.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8342 0 166 1112 9620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0189416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.84412925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1443542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1351373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011749
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.4007-1.41660.22512220.18624223444565
1.4166-1.43330.21342710.18044766503773
1.4333-1.45080.23432920.17885636592886
1.4508-1.46910.20283040.16416107641193
1.4691-1.48850.20113170.15796240655793
1.4885-1.50880.20853290.14486045637494
1.5088-1.53040.17683510.12526234658595
1.5304-1.55320.16353180.12146288660695
1.5532-1.57750.18993390.11586099643895
1.5775-1.60340.15543610.10586180654195
1.6034-1.6310.15323420.10866245658795
1.631-1.66070.16193640.11156259662395
1.6607-1.69260.16023350.1096213654895
1.6926-1.72710.16373450.10426279662496
1.7271-1.76470.13983260.10316222654896
1.7647-1.80570.15883090.10516317662696
1.8057-1.85090.14463170.11016338665596
1.8509-1.90090.16013430.11416298664196
1.9009-1.95680.15383710.11546339671097
1.9568-2.020.15883150.11836361667697
2.02-2.09210.17033390.13166431677097
2.0921-2.17590.15453500.13136310666097
2.1759-2.27490.16483220.12956357667997
2.2749-2.39470.16633190.1296453677298
2.3947-2.54460.15343150.13666454676998
2.5446-2.74090.17823240.1426437676198
2.7409-3.01650.18783310.1516419675098
3.0165-3.45220.1553470.1376481682899
3.4522-4.34640.13873240.12926487681199
4.3464-27.01430.16823680.16046377674598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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