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- PDB-3ux8: Crystal structure of UvrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux8
タイトルCrystal structure of UvrA
要素Excinuclease ABC, A subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / UvrA / nucleotide excision repair / DNA repair / ABC ATPase / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / UvrABC system protein A / UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Samuels, M.A. / Pakotiprapha, D. / Jeruzalmi, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of the UvrA-UvrB DNA damage sensor.
著者: Pakotiprapha, D. / Samuels, M. / Shen, K. / Hu, J.H. / Jeruzalmi, D.
履歴
登録2011年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22014年5月7日Group: Other
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excinuclease ABC, A subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2153
ポリマ－73,7221
非ポリマー4932
水3,603200
1
A: Excinuclease ABC, A subunit
ヘテロ分子

A: Excinuclease ABC, A subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4296
ポリマ－147,4442
非ポリマー9854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area46610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.653, 51.330, 112.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Excinuclease ABC, A subunit


分子量: 73721.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus (バクテリア) / 株: Y412MC52 / 遺伝子: GYMC52_3203, uvrA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: E8SW61, UniProt: A0A0E0TG05*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: BICINE, PEG 20,000, 1,4-dioxane, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42002 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.177 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.183.30.441691.908198.8
2.18-2.263.30.28341691.263199.1
2.26-2.373.40.21841981.712199.2
2.37-2.493.40.1742261.063199.5
2.49-2.653.40.1342141.041199.6
2.65-2.853.40.09242290.954199.5
2.85-3.143.30.06542380.947199.8
3.14-3.593.30.04642340.973199.5
3.59-4.523.30.0442380.911198.6
4.52-503.30.0340870.998192.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.88 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.13 Å
Translation2.5 Å37.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→37.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.719 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 2026 5 %RANDOM
Rwork0.2105 ---
obs0.2122 40344 94.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.38 Å2 / Biso mean: 38.0648 Å2 / Biso min: 19.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å21.08 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4338 0 28 200 4566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.9865985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.59323.367196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44215782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6031543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213296
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 136 -
Rwork0.232 2414 -
all-2550 -
obs--83.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4292-0.1505-0.39650.79620.04112.273-0.04540.1314-0.1899-0.10770.0835-0.0870.21850.1824-0.03820.0930.014-0.00110.055-0.0360.054664.39336.88117.76
22.4815-0.3009-0.40661.25840.38122.00640.04180.04640.0609-0.0048-0.02480.12590.0319-0.1458-0.0170.0036-0.0087-0.00730.03210.02610.043842.03647.36936.463
33.9518-1.4608-1.7441.9661.77865.50550.07910.78490.1189-0.3571-0.22780.1588-0.3614-0.59460.14870.16780.0494-0.0370.29640.06410.088545.15548.4838.963
43.20141.41050.60771.749-0.10851.3983-0.01250.05640.3295-0.0478-0.05230.0196-0.05630.08940.06480.02180.01730.02370.04080.0220.085374.1861.19740.986
50000000000000000.22290.0136-0.01080.25430.06970.17782.01869.35330.357
621.87191.43295.827528.9592-3.50962.07770.6538-0.2439-0.3571-0.8158-0.36621.11230.2953-0.0258-0.28760.21830.0236-0.02020.20960.01140.149837.93852.54920.655
70.76920.0860.03160.210.05990.43150.00510.0270.01910.00190.01590.01470.04620.0169-0.02090.1555-0.0006-0.00770.11040.04540.093357.76147.76333.029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1A504 - 591
3X-RAY DIFFRACTION2A609 - 687
4X-RAY DIFFRACTION2A843 - 949
5X-RAY DIFFRACTION3A89 - 105
6X-RAY DIFFRACTION3A433 - 503
7X-RAY DIFFRACTION4A688 - 842
8X-RAY DIFFRACTION5A1001
9X-RAY DIFFRACTION6A1002
10X-RAY DIFFRACTION7A1101 - 1300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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