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- PDB-3ux2: Crystal Structure of Domain-Swapped Fam96a Major dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux2
タイトルCrystal Structure of Domain-Swapped Fam96a Major dimer
要素MIP18 family protein FAM96A
キーワードIMMUNE SYSTEM / DUF59 / 3D domain swapping / protein-protein interaction / Alpha and beta protein (a+b) / Cytosolic iron-sulfur protein assembly 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / protein maturation by [4Fe-4S] cluster transfer / protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / iron-sulfur cluster assembly / chromosome segregation / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MIP18 family / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic iron-sulfur assembly component 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Kobe, B. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The mammalian DUF59 protein Fam96a forms two distinct types of domain-swapped dimer.
著者: Chen, K.E. / Richards, A.A. / Ariffin, J.K. / Ross, I.L. / Sweet, M.J. / Kellie, S. / Kobe, B. / Martin, J.L.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIP18 family protein FAM96A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1191
ポリマ－15,1191
非ポリマー00
水2,306128
1
A: MIP18 family protein FAM96A

A: MIP18 family protein FAM96A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2382
ポリマ－30,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6750 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.411, 90.961, 34.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MIP18 family protein FAM96A


分子量: 15119.002 Da / 分子数: 1 / 断片: DUF59 Domain, UNP residues 31-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM96A / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H5X1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, ammonium acetate, PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.507 Å / Num. all: 11602 / Num. obs: 11601 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Limit h max: 42 / Limit h min: 0 / Limit k max: 50 / Limit k min: 0 / Limit l max: 19 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.9
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 15.5 / Num. unique all: 1659 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-IceGUIデータ収集
XDSデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.541 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8779 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 554 4.78 %Random
Rwork0.1613 ---
obs0.1631 11587 99.98 %-
all-11602 --
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.013 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.22 Å2 / Biso mean: 19.6894 Å2 / Biso min: 4.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8824 Å20 Å20 Å2
2--0.7337 Å2-0 Å2
3---0.1487 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 0 128 1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5821386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.254410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8003-1.98130.21261390.157526982837
1.9813-2.26760.2061340.1527212855
2.2676-2.85550.21231370.158127612898
2.8555-19.54190.18291440.168728532997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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