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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uun | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin | ||||||
![]() | Dystrophin | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / triple helical / Cell structure and stability / Cytoskeletal | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / synaptic signaling / cardiac muscle cell action potential / regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / dystrophin-associated glycoprotein complex ...regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / synaptic signaling / cardiac muscle cell action potential / regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / dystrophin-associated glycoprotein complex / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / peptide biosynthetic process / cell-substrate junction / motile cilium assembly / dystroglycan binding / vinculin binding / muscle cell development / costamere / neuron projection terminus / Striated Muscle Contraction / filopodium membrane / muscle organ development / structural constituent of muscle / muscle cell cellular homeostasis / myosin binding / maintenance of blood-brain barrier / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Non-integrin membrane-ECM interactions / neuron development / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cardiac muscle contraction / skeletal muscle tissue development / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / response to muscle stretch / positive regulation of neuron differentiation / regulation of heart rate / filopodium / protein localization / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / positive regulation of neuron projection development / Z disc / actin binding / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / cytoskeleton / membrane raft / synapse / cell surface / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-smith, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structures of dystrophin and utrophin spectrin repeats: implications for domain boundaries 著者: Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-Smith, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13642.204 Da / 分子数: 2 / 断片: Spectrin Repeat, UNP residues 338-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月18日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.3→33.24 Å / Num. all: 9999 / Num. obs: 9035 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3.1 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 38.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / Num. unique all: 9999 / Rsym value: 0.605 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.399 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.51 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 663 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.3 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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