PDB-3uu2: Salmonella typhi osmoporin(OmpC):an Outer Membrane Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uu2

タイトル

Salmonella typhi osmoporin(OmpC):an Outer Membrane Protein

要素

Outer membrane protein C

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Beta Barrel / Non specific porin / osmoporin / Outer Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Prasanth, P. / Putcha, B.K. / Arockiasamy, A. / Krishnaswamy, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Outer membrane protein OmpC from Salmonella typhi.
著者: Prasanth, P. / Putcha, B.K. / Arockiasamy, A. / Krishnaswamy, S.

履歴

登録	2011年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uu2.cif.gz	371.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uu2.ent.gz	311.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uu2_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uu2_full_validation.pdf.gz	509.7 KB	表示
XML形式データ	3uu2_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	3uu2_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3upgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3upg-1 4gcp-2 6rd3-1 3pou-1 21900 6rd3-2 4lse-d 4kr8-d 4gcp-1 5o9c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane protein C

B: Outer membrane protein C

C: Outer membrane protein C

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.201, 108.568, 113.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Outer membrane protein C / Porin ompC 分子量: 39207.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: Ty21a / 遺伝子: ompC, STM2267 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A263, UniProt: P0A264*PLUS

#1: タンパク質

Outer membrane protein C / Porin ompC

分子量: 39207.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: Ty21a / 遺伝子: ompC, STM2267 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A263, UniProt: P0A264*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5 詳細: 0.01M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1M Tris, 20% PEG MME 2000, pH 8.5, Microbatch under oil, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77.03 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.0048 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0048 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.33→100.27 Å / Num. all: 28544 / Num. obs: 27261 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 97.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 3.59→3.67 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UPG

3upg

解像度: 3.59→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 130.247 / SU ML: 0.857 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.748 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35808	1170	5.1 %	RANDOM
R_work	0.30196	-	-	-
obs	0.3049	21573	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 225.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.96 Å²	0 Å²	-1.66 Å²
2-	-	7.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6988	0	0	0	6988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	7144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.926	9663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.421	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.137	25.076	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.251	15	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.805	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.571	1.5	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.104	2	6843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.15	3	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.997	4.5	2820

LS精密化シェル

解像度: 3.59→3.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	80	-
R_work	0.376	1492	-
obs	-	-	93.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5299	-1.5963	-3.7559	4.6944	-0.2152	13.0688	-1.3339	1.2656	-1.8558	-0.7128	-0.1781	-0.0467	1.8538	-0.7125	1.5121	0.6887	-0.376	0.3839	0.5287	-0.4459	0.7645	-20.1194	-42.8784	25.1783
2	5.7201	0.2118	-3.6892	4.4353	-1.3037	8.4328	0.9894	-0.296	0.6286	-0.2053	-0.2135	-0.738	-3.4699	2.7482	-0.7759	1.7876	-1.3527	0.2981	1.3591	-0.3325	0.5842	-1.3387	-9.61	30.0583
3	4.8257	1.0771	-1.6063	3.6957	-0.4801	6.5554	0.7193	1.8282	0.5995	-0.8199	-0.1206	0.6219	-3.3187	-2.4214	-0.5987	2.1088	1.2423	0.0542	1.9805	0.4207	0.4828	-38.0577	-9.2774	20.2161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 357
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 357
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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