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- PDB-3uto: Twitchin kinase region from C.elegans (Fn31-NL-kin-CRD-Ig26) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uto
タイトルTwitchin kinase region from C.elegans (Fn31-NL-kin-CRD-Ig26)
要素Twitchin
キーワードTRANSFERASE / kinase / muscle sarcomere
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of locomotion / positive regulation of sarcomere organization / positive regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cell division / behavioral response to nicotine / M band / A band / sarcomere organization / adult locomotory behavior / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity ...positive regulation of locomotion / positive regulation of sarcomere organization / positive regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cell division / behavioral response to nicotine / M band / A band / sarcomere organization / adult locomotory behavior / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Twitchin
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Castelmur, E. / Barbieri, S. / Mayans, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Identification of an N-terminal inhibitory extension as the primary mechanosensory regulator of twitchin kinase.
著者: von Castelmur, E. / Strumpfer, J. / Franke, B. / Bogomolovas, J. / Barbieri, S. / Qadota, H. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Labeit, S. / Benian, G.M. / Schulten, K. / Mayans, O.
履歴
登録2011年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twitchin
B: Twitchin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2046
ポリマ－130,4902
非ポリマー7144
水7,638424
1
A: Twitchin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6334
ポリマ－65,2451
非ポリマー3873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Twitchin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5722
ポリマ－65,2451
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.700, 158.210, 60.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Twitchin / Uncoordinated protein 22


分子量: 65245.203 Da / 分子数: 2
断片: twitchin kinase region (Fn3-NL-kin-CRD-Ig), UNP residues 6108-6675
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-22, ZK617.1 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q23551, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 600, 100 mM sodium citrate pH 5.5, 50 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.87 Å / Num. obs: 45313 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.86 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 4.82 % / Num. unique all: 2670 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0119精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.84 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.532 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21326 1165 2.6 %RANDOM
Rwork0.17458 ---
obs0.17557 44098 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9027 0 48 424 9499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.029302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.95612591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.955315716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90651122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77924.048457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.078151582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.441563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021892
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 91 -
Rwork0.231 2924 -
obs--96.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.47071.05021.22234.1518-0.00816.3158-0.03180.35640.2986-0.14720.0455-0.4297-0.37330.4376-0.01370.1035-0.04580.0040.06760.05210.23726.037.057-15.315
20.7588-0.00820.14880.9768-0.56291.47040.0019-0.01440.08940.00920.0027-0.0532-0.09810.0033-0.00460.0246-0.00390.01730.0221-0.01440.034110.738-15.957-3.064
31.84680.0592-0.41234.4985-1.76992.8723-0.028-0.317-0.4858-0.0021-0.0776-0.23790.35750.16870.10550.08890.04090.00460.13250.03940.20220.566-51.38.112
42.9522-0.5731-0.43774.12960.78723.9393-0.00210.0158-0.410.0428-0.03880.1270.40430.03090.04090.063-0.01390.03430.0256-0.01470.1738-15.779-74.2834.907
50.87370.1527-0.43080.8863-0.18951.2944-0.03440.0844-0.0464-0.10560.04430.04450.0458-0.1104-0.00980.0195-0.0216-0.00190.0496-0.02360.0505-7.117-48.904-8.916
64.60542.9352-2.52235.3682-1.52583.3801-0.10210.31130.0626-0.45760.1-0.2618-0.20910.29040.0020.1128-0.01560.01250.2706-0.03810.125126.524-36.32-22.636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 468
3X-RAY DIFFRACTION3A473 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5B105 - 468
6X-RAY DIFFRACTION6B473 - 564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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