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- PDB-3use: Crystal Structure of E. coli hydrogenase-1 in its as-isolated form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3use
タイトルCrystal Structure of E. coli hydrogenase-1 in its as-isolated form
要素(Hydrogenase-1 ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEMBRANE-BOUND HYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / cellular response to starvation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (III) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE4-S3 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / FE4-S3 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydrogenase-1 large chain / Hydrogenase-1 small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Darnault, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: X-ray crystallographic and computational studies of the O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase 1 from Escherichia coli.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Darnault, C. / Mouesca, J.M. / Parkin, A. / Roessler, M.M. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,04533
ポリマ－203,1324
非ポリマー4,91329
水22,6451257
1
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,00116
ポリマ－101,5662
非ポリマー2,43514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
2
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,04417
ポリマ－101,5662
非ポリマー2,47815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27410 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area47050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.930, 97.790, 183.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE TWO DESCRIBED BIOMOLECULES 1 AND 2 ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD SYMMETRY. IT IS PLAUSIBLE THAT TOGETHER THEY FORM A FUNCTIONAL TETRAMER (WHICH MAY ALSO BE DESCRIBED AS A DIMER OF HETERO-DIMERS, BIOMOLECULE 3).

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要素

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Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質 Hydrogenase-1 small chain


分子量: 36814.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 遺伝子: b0972, hyaA, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Hydrogenase-1 large chain


分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 遺伝子: b0973, hyaB, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

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糖 , 1種, 2分子

#7: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 12種, 1284分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-F4S / FE4-S3 CLUSTER / T-CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#6: 化合物 ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#11: 化合物 ChemComp-3NI / NICKEL (III) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#14: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SF3 DESIGNATES A FE4-S3 CLUSTER IN A VERY OXIDIZED STATE WITH TOTAL CORE CHARGE OF +5 F4S ...SF3 DESIGNATES A FE4-S3 CLUSTER IN A VERY OXIDIZED STATE WITH TOTAL CORE CHARGE OF +5 F4S DESIGNATES THE SAME FE4-S3 CLUSTER IN A MORE REDUCED STATE WITH TOTAL CORE CHARGE OF EITHER +4 OR +3 RELATIONSHIP BETWEEN ATOM NUMBERS IN SF3 AND F4S: FS4 ATOMS FE1, FE2, FE3, FE4, S1, S2 AND S3 CORRESPOND TO SF3 ATOMS FE4, FE1, FE3, FE7, S2, S3 AND S1, RESPECTIVELY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, LiSO4, DTT, DMM, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.94645 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→100 Å / Num. all: 372270 / Num. obs: 194962 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.905 % / Biso Wilson estimate: 18.782 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.78
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.67-1.740.382.468190343425198.9
1.74-1.840.2643.459689851185199.1
1.84-1.970.1755.059745551405198.3
1.97-2.140.117.629492549861198.3
2.14-2.40.07311.089834651505198.3
2.4-2.770.05114.918414443964198.6
2.77-3.390.03420.547089037067198.4
3.39-4.780.02131.045356128057196.5
4.78-200.01838.263073615650198.1
20-300.01737.14206113172
30-1007238160.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YQW

1yqw


解像度: 1.67→29.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.152 / WRfactor Rwork: 0.1114 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9236 / SU B: 3.445 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.1138 / SU Rfree: 0.0819 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1684 9644 4.9 %RANDOM
Rwork0.1198 ---
all0.1222 194961 --
obs0.1222 194961 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.19 Å2 / Biso mean: 13.1137 Å2 / Biso min: 4.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13228 0 151 1257 14636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02214362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2391.95219640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64251876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32723.926680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.445152350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.69515104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0091.58761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9282.514237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.38635601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.10755285
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.428314362
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 729 -
Rwork0.176 13579 -
all-14308 -
obs-13579 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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