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- PDB-3usb: Crystal Structure of Bacillus anthracis Inosine Monophosphate Deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3usb
タイトルCrystal Structure of Bacillus anthracis Inosine Monophosphate Dehydrogenase in the complex with IMP
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / CBS-domain / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhang, R. / Wu, R. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes.
著者: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. ...著者: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Source and taxonomy
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,25311
ポリマ－111,9612
非ポリマー1,2929
水7,494416
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,43520
ポリマ－223,9224
非ポリマー2,51416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area18760 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area72860 Å2
手法PISA
2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,57724
ポリマ－223,9224
非ポリマー2,65620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area19860 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area70900 Å2
手法PISA
3
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,01344
ポリマ－447,8438
非ポリマー5,16936
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-y+1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_555y+1/2,-x+1/2,z+1/21
Buried area46730 Å2
ΔGint-436 kcal/mol
Surface area135650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.519, 122.519, 140.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 55980.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M, magnessium sulfate, 0.1 M TrisHCl pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 41552 / Num. obs: 41552 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 27.59 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique all: 2105 / Rsym value: 0.776 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_851)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.38→38.744 Å / SU ML: 0.58 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 2058 5.03 %random
Rwork0.17 ---
all0.172 40903 --
obs0.172 40903 98.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.244 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4611 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4611 Å20 Å2
3----0.9222 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→38.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6314 0 81 416 6811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.418909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4192449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.38-2.43580.25841020.19242143224581
2.4358-2.49670.26631120.20882541265396
2.4967-2.56420.23731440.189426172761100
2.5642-2.63970.23341630.181225782741100
2.6397-2.72490.21391490.178226422791100
2.7249-2.82220.19011170.174626312748100
2.8222-2.93520.2291360.167326402776100
2.9352-3.06870.23611420.179226192761100
3.0687-3.23040.23441420.17726192761100
3.2304-3.43270.21051350.174926342769100
3.4327-3.69760.19511380.166626292767100
3.6976-4.06930.19471290.152826402769100
4.0693-4.65730.16421500.138226552805100
4.6573-5.86440.17381390.16726482787100
5.8644-38.7490.17631600.18512609276998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8679-1.2491-1.01564.09690.15050.5853-0.3036-0.38510.0710.79390.0611-0.4433-0.00590.05610.25370.2344-0.0583-0.05350.1445-0.03590.180114.45720.0455130.9845
22.16470.9727-0.48761.6648-0.5761.065-0.03760.31710.23-0.334-0.0123-0.1588-0.13570.04160.02050.2403-0.0183-0.01360.14910.02130.188730.366434.872107.3449
32.71460.48870.62020.65171.55884.2139-0.1251.23980.4182-1.59520.02840.0374-0.63090.44080.04851.0355-0.03670.01680.6260.12960.46241.556651.31290.2217
41.73871.5178-0.47742.5329-0.71782.15070.00830.15750.32240.05710.05320.0531-0.5740.1161-0.03340.2756-0.04550.00490.163-0.00620.246632.520144.0903109.4262
52.4740.8354-0.84323.396-1.06290.824-0.11780.0042-0.2142-0.1289-0.0624-0.28810.12820.01740.06990.1502-0.0213-0.05650.1227-0.0330.202230.411417.1694122.6446
61.3481-0.87-0.48172.5339-0.45860.307-0.00420.00570.0941-0.1014-0.010.0927-0.0690.0564-0.00230.1084-0.0258-0.03110.0988-0.02630.115715.725316.0683121.0327
73.9648-0.6410.24453.75540.0314.50310.43771.5897-1.8729-1.3578-0.16190.84381.0387-0.3062-0.06180.66540.0219-0.30870.7691-0.4254-0.426317.191921.004894.9454
82.52150.377-1.81982.276-2.12853.0081-0.14640.11310.1186-0.06960.12960.2249-0.0326-0.2938-0.02610.11790.0128-0.05830.1396-0.06690.20375.08724.0149119.0458
90.5912-0.60840.30922.29791.70532.17680.49350.6171-0.0043-0.4466-0.12-0.1654-0.39270.0503-0.31330.22660.0402-0.00550.28460.0080.130374.968449.3931118.4712
101.01990.4682-0.40862.8822-0.04171.33420.1231-0.3678-0.2790.2584-0.1382-0.0770.3214-0.1109-0.0260.2481-0.0947-0.10220.21340.08210.194949.48930.9097140.6131
110.21510.3464-0.33910.9863-0.43570.1636-0.4196-0.4266-1.08380.1228-0.3851-0.04730.6037-0.3630.23730.9247-0.1143-0.1468-0.2390.7860.782849.63275.3528149.4327
121.18070.8594-1.80831.8351-0.30052.246-0.2824-0.3243-0.80490.1614-0.1519-0.44530.5888-0.0950.20630.38560.006-0.08260.19670.13050.473850.324714.7317141.1142
132.88670.4802-0.04621.4123-0.3330.50290.1294-0.50020.02820.2239-0.07480.02740.0754-0.0708-0.03760.1953-0.0459-0.0330.1953-0.03050.113352.515839.6155140.1548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -6:18)A-6 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 19:133)A19 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 134:163)A134 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 164:242)A164 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 243:309)A243 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 310:363)A310 - 363
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 364:427)A364 - 427
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 428:469)A428 - 469
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq -7:12)B-7 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 13:77)B13 - 77
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 78:125)B78 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 137:309)B137 - 309
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 310:469)B310 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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